Ce moulin aurait été donné à bail à un meunier nommé Thomas Quatremère dans le premier quart du 16e siècle (A. Noël, GEM, gemh.free.fr). Dans un tableau général des dépenses à faire pour le canal dans le département de l'Yonne, daté du 27 mars 1824, on apprend que l'écluse de Mailly-la-Ville devait être "construite à droite du sous-bief du second moulin de Mailly-la-Ville. [Elle] sera à la hauteur du vannage du moulin" (Archives nationales, F14 6990). On enfin que le moulin de la Motte est représenté sur le plan du canal dressé en 1930 en vue de la mise au gabarit de la péniche normale de 300 tonnes (VNF, Direction territoriale Centre-Bourgogne, subdivision de Corbigny).