L'église de Venoy est située au centre du village et communique avec le cimetière. Elle est orientée. Sa façade principale présente un portail percé d'une baie en plein cintre dont la voussure appareillée en rouleaux à ressauts retombe sur deux colonnes engagées aux chapiteaux à feuilles d'eau. L'ensemble est fermé par une corniche en arc segmentaire et crossettes surmontées de pots à feu. Une baie centrale en arc brisé murée, au centre de laquelle est placée une croix en métal, surmonte le portail. Elle est encadrée par trois niches : les deux niches latérales abritent les statues en pierre de saint Jean-Baptiste et de saint Benoit, alors que la troisième, au-dessus, est vide.

On peut également entrer dans l'église par le portail nord. Ce dernier est percé d'une baie en arc segmentaire, en pierre de taille, orné d'une agrafe en console à volutes. Le portail est encadré par deux pilastres doriques et un entablement dont la frise et l'architrave portent l'inscription : "QUE CE LIEU EST TERRIBLE ! C'EST LA MAISON DE DIEU ET LA PORTE DU CIEL" (Genèse, 28,17). Une baie en arc brisé s'ouvre au niveau supérieur et éclaire le transept. Elle est elle-même encadrée par deux niches concaves vides, en plein-cintre, surmontées d'une tête d'ange et décorées d'une coquille. A gauche, le socle de la niche porte l’inscription "St PELERIN" et à droite "St GERMAIN", tous deux évêques d'Auxerre.

L'édifice suit un plan en croix latine : une seule nef à deux travées, épaulée par de solides contreforts (l'un d'eux, sur le mur nord, est surmonté d'un cartouche portant une inscription, probablement une dédicace) ; un transept saillant et un chœur ouvrant sur une abside à chevet plat et deux chapelles latérales. La sacristie se trouve à l'angle de la chapelle sud et du sanctuaire. L'église est construite en moellon enduit ("moellons du pays" d'après les archives). Les encadrements des baies et les chaines d’angle sont en pierre de taille (de Courson, d'après les archives : 2 0 3948). L'église est couverte d'un toit en tuiles plates. Seule la couverture du clocher est en ardoises. Ce dernier surmonte la travée sud du transept, servant d'entrée latérale : il faut descendre plusieurs marches et franchir une porte à encadrement mouluré et à linteau droit pour accéder à l'église. Les baies de la nef sont en plein-cintre, alors que celles qui éclairent le transept sont en arc brisé, avec remplage au niveau des chapelles. Le chevet plat est quant à lui percé d'une baie en plein-cintre murée.

La nef est couverte d'une voûte en berceau brisé renforcée par 4 entraits en chêne. Hormis le transept nord qui présente un plafond plat, le bras sud et les chapelles sont voûtées d'ogives avec nervures en pierre et remplissage en petits moellons d'appareil. La clef de voûte de la chapelle nord porte la date de 1892. D'après les documents d'archives, la charpente de la partie dite "ogivale" est composée de fermes sur tirants avec pannes et chevronnage ; celle du clocher comporte un beffroi pour 4 cloches dont une seule subsiste et une flèche avec enrayures sur plan carré. Deux arcs brisés marquent la croisée du transept (dont l'un porte la date de 1751). Une porte à encadrement mouluré et linteau droit, ménagée dans le mur ouest du transept sud, donne accès à l'escalier en vis conduisant au clocher. Le sanctuaire est légèrement surélevé et ceint d'une grille en fer forgé. Il est recouvert d'un sol en carreau de ciment décoré de motifs alternant losanges et fleurs. Un lavabo liturgique en arc brisé est ménagé dans le mur sud de l'abside. Juste à côté, se trouve la porte qui donne accès à la sacristie, éclairée par deux petites fenêtres rectangulaires.