L'ancienne église située sur la place du village d'Aloxe-Corton étant devenue trop petite, elle fut démolie en 1890. Le projet de construction d'une nouvelle église (non orientée) et d'une maison commune fut confié à l'architecte Mâconnais Pinchard. Les travaux de construction furent exécutés entre 1889 et 1890, et la bénédiction de l'église Saint Médard eut lieu le 30 août 1890. Lors de sa construction, l'église bénéficia d'un programme complet et fut entièrement pourvue de mobilier neuf, à l'exception de quelques œuvres déjà présentes dans l'ancienne église. Ainsi, l'église présente une homogénéité chronologique et stylistique avec la présence de décors intérieurs et de mobilier liturgique de même époque et de qualité.
Les fonts baptismaux en pierre marbrière rose sont situés à l'entrée, dans le collatéral gauche. La nef est composée de quatre travées et flanquée de deux collatéraux avec deux autels élevés à leurs extrémités. L'autel de la Vierge (à gauche) est placé sous un fragment du rocher de la grotte de Lourdes, avec une statue de la Vierge de Lourdes et une statue de sainte Bernadette. A droite, l'autel est consacré à Saint Louis et est surmonté d'une statue du saint offerte par M. Louis Latour (maire d'Aloxe). Ces deux autels latéraux et les statues ont été exécutés par les ateliers parisiens FROC-ROBERT pour 1055 francs (archives municipales - 2M1).
La réalisation et la pose de huit verrières composées de panneaux de losanges en verre blanc avec bordures de couleur furent confiées à l'entrepreneur dijonnais L. Porcherot. La baie de l'autel de la Vierge est munie d'une verrière, historiée et en couleurs, de Notre-Dame de Lourdes exécutée par les ateliers du Carmel du Mans. Dans le chœur, il y a trois verrières réalisées par les ateliers Besnard de Chalon-sur-Saône. Les verrières des baies trinitaires de l'abside représentent saint Bénigne, saint Joseph et la Vierge. Dans la travée du chœur, les deux grandes baies en ogives sont fermées par des verrières représentant saint François de Sales et saint Vincent, patron des vignerons, offertes par l'abbé Verdot, ancien curé de Pernand et d'Aloxe.
Le chœur est flanquée de deux sacristies. Une carte postale du début du 20e siècle montre comment l'église était alors. La chaire à prêcher et la barrière de communion avec ses fines arcatures réalisées en pierre de Meursault ont été depuis, démontées et transformées en autel et ambon. Un dépôt lapidaire avec les panneaux de la cuve existe derrière l'abside. Une statue de saint Médard, patron de l'église repose sur un piédestal du même style. Les stalles et lambris du chœur, les portes et l'armoire de la sacristie, ainsi que les bancs de la nef, furent réalisés par un menuisier-ébéniste du village, l'entreprise Naigeon-Bernard. La croix d'autel et les chandeliers d'autel ainsi que la tableau d'un évêque (non étudié) sont des dons de l'empereur Napoléon III et de l'impératrice Eugénie en 1864 . Une partie des œuvres, notamment les peintures et les objets liturgiques, provient de l'ancienne église et bénéficie de protection au titre des Monuments historiques. Toutes ces peintures ont été restaurées en 1990 pour le centenaire de l'église. Plusieurs statues et objets liturgiques tels qu'une coupe et un ciboire sont des dons de paroissiens. Certains objets (couronnes de lumières, croix de processions, chandeliers...) sont entreposés dans les combles de la nef.
Pierre-Marie Barbe-Richaud, photographe. Région Bourgogne-Franche-Comté, Service Inventaire et Patrimoine, 2008-