D'après l'arrêté de classement, l'orgue conserve vingt-deux jeux de Charles-Joseph Riepp, de Joseph Rabiny et de François Callinet. L'instrument a été construit en 1807 par François Callinet pour l'église Saint-François Xavier (ancienne chapelle du collège des jésuite, actuellement collège Victor Hugo). De 1865 à 1871, Verschneider exécute divers travaux : la partie mécanique est refaite à neuf, sauf celle de la pédale, la tuyauterie est pavillonnée, les calottes de bourdons sont rendues mobiles. Entre 1890 et 1910, Henri Didier d'Epinal (88) remplace quelques jeux. Vers 1930, Jules Bossier de Dijon (21) effectue quelques modifications sommaires à la tuyauterie. En 1964, Philippe Hartmann remplace le pédalier en conservant les éléments anciens sur la tribune. En 1985, l'église Saint-François-Xavier est désaffectée. L'orgue est démonté, restauré, puis transféré en 1991 dans l'église Saint-Louis.