L'instrument, d'origine indéterminée, a été offert en 1858 à la paroisse de Dole (Jura). Il est réparé par Jean-Baptiste Ghys en 1878. Il subit une transformation au début du 20e siècle, consistant en la modification de la mécanique et des jeux, et le déplacement de la console. Celle-ci était autrefois en fenêtre à l'arrière de l'orgue, ainsi que l'attestent les traces laissées par les trous des bâtons de registres. Selon Michel Chapuis, les claviers étaient encore entreposés, jusqu'à une date récente, dans la sacristie. Le buffet date du 19e siècle.