Les archives (visites de l'église) et quelques témoins archéologiques indiquent que Guillaume de Poupet, abbé de Baume-les-Messieurs (1524-1583) avait fait ériger son monument funéraire en pendant de celui de l'abbé Amé de Chalon (voir IM39001900). Ainsi, sa sépulture devait prendre place sous une arche percée dans le mur sud de la première travée de choeur, juste à côté de l'autel majeur dont c'était l'emplacement aux 15e et 16e siècles. Selon les documents, le tombeau était"érigé avec un riche artifice"; le gisant de l'abbé était de pierre blanche, reposant sur une dalle de marbre noir. Dans la seconde moitié du 17e siècle, lors de sa vaste entreprise de transformation et d'embellissement des aménagements liturgiques, l'abbé de Baume Jean de Watteville (1659-1702) fit murer toutes les baies (arches et enfeux) des monuments funéraires s'ouvrant sur le pourtour du choeur, y compris celui de Guillaume de Poupet. Entre 1714 et 1766, la construction de deux escaliers au voisinage de la sépulture du 16e siècle entraîna le déplacement d'une partie du tombeau (gisant et dalle de couvrement) dans la 9e travée du bas-côté nord. Il faut souligner qu'à l'origine, ce tombeau était double et qu'il supportait deux gisants, Guillaume de Poupet étant inhumé avec son frère Aymé de la Baume. Seule l'effigie de l'abbé a été déplacée mais elle a été détruite lors de la Révolution. Cependant, une partie de la sépulture est encore en place, bien que dissimulée par des cloisons.