Le couvent des Augustins est fondé en 1284 par le comte Othon IV de Bourgogne. Une chapelle consacrée au Saint Crucifix (actuellement dite des Augustins) est construite en 1408 par Huguenin de Joux. Le couvent est détruit en 1639 pendant la Guerre de Dix ans. De la reconstruction date vraisemblablement la porte d’entrée, surmontée d’un cadran solaire et de l’inscription gravée HOM. HORA. AETERN. DEO. Au début du 18e siècle, les pères Augustins obtiennent l’autorisation d’enseigner. Les bâtiments sont touchés par l’incendie qui détruit une bonne partie de la ville en 1736. La congrégation religieuse des Augustins de Pontarlier est dissoute en 1790 et les bâtiments, vendus comme bien national, sont partiellement démolis.

Distillerie Pernod

Henri-Louis Pernod, implanté à Pontarlier depuis 1804, transfère sa distillerie d’absinthe dans les locaux du couvent avant 1834. L’affaire sera transférée en 1877 dans une nouvelle usine construite dans le faubourg Saint-Etienne (IA25001599).

Distillerie Parrot Frères

En 1879, Henri François Duval quitte la société Dubied et Fils et implante une distillerie dans le couvent. A la liquidation de l’affaire en 1889, les frères Eugène et Adolphe Parrot acquièrent le matériel et poursuivent l’activité sous le nom Parrot Frères, société fondée le 8 mars 1889. Avec l’arrivée d’Emile Pernot, l’association des trois hommes devient le 14 mai 1890 l’affaire Emile Pernot et Cie. La société est dissoute le 25 septembre 1892, Eugène Parrot restant seul à la tête de la distillerie Eugène Parrot. En 1907, cet établissement compte deux alambics (capacité de production de 1600 litres), emploie quatre personnes et fabrique annuellement 100 hl d’absinthe.

Distillerie Henri Bazinet

La société Voran et Bazinet Jeune est fondée le 1er juin 1880 par Henri Bazinet et son beau-frère Alexandre Voran. Elle s’installe dans les locaux du couvent, alors propriété de l’architecte Louis Girod. Qualifiée de distillerie à vapeur, elle fabrique de l’absinthe, des eaux-de-vie (gentiane, kirsch), des liqueurs, du vermouth, de la limonade, etc. Après le départ de Voran en 1886, Henri Bazinet poursuit seul son activité, et crée la Grande liqueur digestive hygiénique Angélique des R.R.P.P. Augustins. La matrice cadastrale signale la construction d’un bâtiment (de distillerie) en 1885. Il s’agit peut-être du bâtiment situé à l’angle de la cour, frappé des initiales superposées BB. L’activité de la distillerie est régularisée par l’arrêté du 31 août 1894. En 1907, la distillerie compte cinq alambics (capacité de production de 2700 l), emploie 12 personnes et fabrique annuellement 800 hl d’absinthe, ainsi qu’une large gamme de liqueurs et de spiritueux. La société anonyme de distillerie H. Bazinet est dissoute en 1909, mais ce dernier semble poursuivre son activité jusqu’à l’interdiction de la fabrication de l’absinthe en 1915.

En 1926, la congrégation des Sœurs de la Charité implante un établissement scolaire. D’importants travaux de modernisation et d’agrandissement ont été menés dans le 4e quart du 20e siècle. Les lieux sont aujourd’hui occupés par le lycée et collège privés des Augustins.