L'étude des infrastructures portuaires de la Saône navigable a permis de répartir les aménagements liés dans les catégories suivantes :

- les ouvrages et aménagements portuaires modestes : ces aménagements, conçus majoritairement au 19e siècle pour faciliter l'accès à la rivière, prennent la forme de cale en tablier (ou bas-port), de cale double à tablier haut ou bas et de rampe d'accès ou d'abreuvoir. Certains de ces ports sont des ports de bacs : l'aménagement de la rampe ou cale permettant l'accostage des bacs fréquents sur la rivière avant la construction des ponts. Dans les rapports des conducteurs et ingénieurs des Ponts et Chaussées du début du 20e siècle, il est indiqué que ces "emplacements" servent de ports, mais que le débarquement des marchandises y est difficile (c'est le cas des ports d'Ecuelles, de Gergy, d'Allériot et d'Ouroux pour la Saône-et-Loire, par exemple, en 1919).

- les ports à gradins, caractéristiques de la première moitié du 19e siècle. Ils sont conçus pour faciliter le chargement et le débarquement des marchandises des bateaux. On les trouve dans des lieux stratégiques de la rivière et leur implantation est souvent liée à la présence d'une activité plus ancienne. Aujourd'hui, il en reste 6 sur la petite Saône : Gray, Pontailler-sur-Saône, Auxonne, Losne, Saint-Jean-de-Losne et Seurre. Sur la grande Saône, les villes de Tournus et de Mâcon les ont encore conservés ; on en trouve également un à Fleurville.

- les ports de plaisance ou haltes nautiques : pour la plupart ils ont été aménagés récemment, dans le dernier quart du 20e siècle ou au début du 21è siècle (port Royal à Auxonne par exemple). Certains ont aussi pris place dans des sites d'écluses désaffectés, comme à Saint-Jean-de-Losne ou à Gigny. Ils sont équipés d'une capitainerie et de pontons modernes en bois. Leur présence est liée au développement du tourisme fluvial, comme à Mantoche ou Port-sur-Saône.

- les ports de commerce/multimodaux : gérés par la Chambre de Commerce et d'Industrie (Aproport), les trois grands ports de commerce se trouvent sur la section navigable à grand gabarit, sur des points géographiques stratégiques : à Pagny, Chalon-sur-Saône et Mâcon. Il s'agit de plates-formes multimodales associées à des entrepôts de stockage permettant aux marchandises de passer d'un mode de transport à un autre.