Le 12 mai 1501, le roi Louis XII et son épouse Anne de Bretagne se rendent à Auxonne. Après cette visite, le monarque ordonne de renforcer les défenses de la ville, qu'il ne juge plus suffisantes pour assurer la protection du "verrou" du duché face au comté de Bourgogne, dirigé par les Habsbourg depuis 1493 et le traité de Senlis. Le bastion, en fer à cheval, ainsi que la porte de Comté sont ainsi construits deux ans plus tard, en 1503. La porte est située à l'extrémité est de la Grande Rue, au niveau de l'ancienne porte Dampnot ; elle perce le bastion oriental sur son flanc gauche et fait face au comté de Bourgogne, d'où son nom. Porte d'entrée de la ville, elle permet de faire circuler hommes et marchandises entre le territoire des Habsbourg et le duché de Bourgogne. Une inscription sous la voûte intérieure rappelle que le fer à cheval dont elle garde l'entrée fut élevé en 1503 et précise qui étaient les gouverneur, capitaine de la ville et maire à cette époque, respectivement Engilbert de Clèves, Antoine Godefroy et Huguenin Courtois.

Le bastion oriental est reconstruit vers 1677, et la porte de Comté réincorporée dans le flanc du nouveau bastion. Elle est conservée du fait de sa grande qualité architecturale, et reliée à la demi-lune adjacente par un pont-levis et un pont dormant.

Au siècle suivant sont construits près d'elle un corps de garde et une ferme générale, visibles sur un plan de la ville et du château d'Auxonne datant de 1781. En 1813, la ferme générale s'est transformée en octroi mais le corps de garde demeure. Remaniés au cours du 19e siècle (on connaît un projet de 1837), ces deux bâtiments subsistent de nos jours. Les deux ponts ont disparu, remplacés par un jardin à l’anglaise au début du 20e siècle. A la même occasion a été abattue l’enceinte que perçait la porte, dont on distingue des vestiges au niveau des faces est et ouest.