Avec la signature du traité de Senlis en 1493, Auxonne devient ville-frontière : un château est bâti en bordure de la Saône par le roi Louis XI, les remparts sont consolidés et on restaure un boulevard de terre (en forme de fer à cheval) à la porte de Dampnot. Une fois au pouvoir, Louis XII renforce la défense de la cité, notamment vers l'est : le boulevard est rebâti en pierre, ce qui lui permet de "porter de l’artillerie", il est doté vers 1503 d'une nouvelle porte de ville (porte de Comté), en l'honneur du roi et de son épouse, Anne de Bretagne. Cet ouvrage est le premier bastion de la ville faisant face à l'Empire.

Lors des travaux menés à partir de 1673, le comte d'Apresmont décide de conserver la porte mais fait démolir l'ouvrage en forme de fer à cheval et le remplace par un petit bastion. Il lui ajoute une demi-lune (disposant elle même d'un pont-levis), reliée par un pont depuis la porte de Comté. Sous la tutelle de Vauban, le bastion est relié aux courtines et une batterie en "barbe" est aménagée. Un corps de garde est construit. En 1820, l'entrée de la demi-lune est totalement restaurée avec l'élévation d'une nouvelle porte et la reconstruction d'un pont-levis. En 1840, le front entre les bastions de Comté et du Kehl est pointé pour sa faiblesse, le flanc droit du bastion de Comté étant dépourvu d'ouvrage pouvant le flanquer. Un mémoire du Génie de la direction de Besançon préconise la construction d'une tenaille : "La nécessité de cet ouvrage est incontestable puisque le font 14-15 n'a pas de demi-lune et qu'on a grand intérêt d’empêcher l’ennemi de faire à la courtine une brèche praticable[....] cette tenaille a été tenue plus élevée que celle du front [....elle] donnera des feux très utiles pour la défense du chemin couvert...". Ce front est doublement renforcé avec l'installation d'une lunette en terre dotée de deux traverses voûtées en maçonnerie. En 1881, cet ouvrage sert de dépôt de bois de blindage au service du Génie.

Suite au décret du 18 août 1896 déclassant Auxonne, les fortifications du front est sont en grande partie démolies (1905). Le bastion de Comté et les ouvrages adjacents laissent place à un nouveau quartier. Seule la porte de Comté est conservée du fait de sa qualité architecturale. En 1912, un jardin public est aménagé comme l'indique un plan d'ensemble portant sur le dérasement du bastion du fort de Kehl.