En 1503, Louis XII fait construire à Auxonne la porte de Comté, sur les façades de laquelle sont sculptées des figures renvoyant à la famille royale : des porcs-épics, emblème animalier de Louis XII, des dauphins et un oiseau. Ces deux derniers peuvent être interprétés comme les symboles des enfants royaux, le cygne étant l'emblème de la princesse Claude et le dauphin celui du fils appelé à lui succéder (le couple royal ne donnera naissance à aucun fils). Des motifs d'hermine rappellent l'origine d'Anne de Bretagne, épouse de Louis XII. Les rouelles présentes sur l'imposte de la porte cochère au niveau de la façade sud sont plus difficiles à interpréter; il pourrait s'agir de l'emblème de Jean de Karolle, qui était bailli d'Auxonne en 1503, mais elles pourraient également faire référence à Louis de La Tremouille, gouverneur de la place à partir de 1506. Dans ce cas, elles auraient été réalisées au minimum trois ans après le début de la construction de la porte.

Sur la façade côté campagne (nord) se trouve le principal élément sculpté du bâtiment : deux anges héraldiques tenant un blason aux armes de la maison de France (aujourd'hui disparues). Jacques Baudouin attribue ces sculptures au Maître des Apôtres de Dole, par comparaison stylistique avec les apôtres réalisés pour la chapelle de la Visitation du collège Saint-Jérôme de Dole. En effet, les figures présentent les mêmes yeux en amande à sourcils bas, des lèvres effacées et des cheveux ondulés. On retrouve par ailleurs le même motif iconographique et emblématique à la Chambre des Comptes de Dijon. Des anges portes-écu y sont également placés sous un dais, et un petit saint Michel est visible sous le blason (Dijon, chartreuse de Champmol, église). Ces anges datent également du premier quart du XVIe siècle, mais ils sont sculptés en bois. Le groupe d'Auxonne devait bien confirmer le contrôle du souverain sur le duché réunis au royaume à la suite de la mort de Charles le Téméraire.