Ce bastion fait partie des premiers ouvrages fortifiés bâtis à Auxonne au 17e siècle dans le contexte de la guerre de Dix ans (1634-1644). Il figure sur un plan de 1638 et est mentionné comme étant élevé en terre et probablement non revêtu de maçonnerie. En 1670, Colbert charge le chevalier de Clerville, commissaire général des fortifications, d’améliorer celles de la ville. Ce dernier propose de relier le bastion du Gouverneur au mur d'enceinte. Malgré l’approbation du roi, le bastion reste en dehors de l'enceinte, bordé à sa gorge par un cours d'eau.

En 1673, l’ingénieur d'Aspremont, en charge des travaux pour fortifier la cité, intègre l'ouvrage dans l'enceinte et fait construire une demi-lune, qui reste en terre, entre le bastion et celui du Cygne. Vauban reprend le projet des fortifications de la ville en 1679, après le décès de son prédécesseur, et donne des consignes précises pour achever le bastion : finir le terre-plein, former les parapets et les gazonner, installer une batterie en "barbe", attacher le bastion aux courtines et "bien achever son fossé en donnant plus de profondeur aux épaules que vers la pointe affin qu'ils puissent être mieux deffendus des flancs". Une écluse et des aqueducs sont aménagés suite aux prolongements des flancs pour alimenter un moulin situé à la gorge du bastion, attenant à la tour Belvoir, conservée. Le fossé est alimenté en eau par le ruisseau de la Brizotte. En 1753, le bastion est en place et un plan montre que la courtine le reliant à celui du Cygne correspond au mur d'enceinte de l'époque médiévale ; le moulin à sa gorge est toujours en activité. Vers 1775, l’architecte Antoine réalise les plans d'un nouveau moulin pour remplacer celui déjà existant, mitoyen de la tour Belvoir, alimenté des eaux de la Brizotte par un aqueduc souterrain au flanc nord et s’écoulant par l'autre flanc. Entre 1817 et 1820, la courtine reliant les bastions du Comté et du Gouverneur est restaurée et rejointée. En 1847, un projet étudie la construction d'écuries, d'infirmeries et d'une forge de maréchaux au sein du bastion. Cette proposition n'est pas réalisée. En 1881, un plan détaillé de la place indique que le terre-plein bas du bastion est occupé par trois bâtiments voûtés pouvant contenir 1 020 hommes et servant en temps de paix de magasins au régiment de cavalerie, ainsi que par un hangar à voitures pour ce même régiment. Cette caserne est nommée "Candras".

Le bastion est actuellement occupé par le 511 régiment du Train. Son terre-plein haut accueille un monument commémoratif. La demi-lune a été supprimée après le déclassement de la place forte d'Auxonne.