L’existence des forges de Scey est attestée à l’extrême fin du 15e siècle, puisque les salines de Salins (IA39000138) s’y approvisionnent en "sappeaulx de fer de fondue" en 1499. En 1528, l’usine métallurgique, dotée d'un haut fourneau, est vendue par Etienne Roland à Denis et Antoine d'Anvers, de la famille d’Emskerque, pour la somme de 1300 francs.

Ferdinand de Rye, archevêque de Besançon et propriétaire de la seigneurie de Montrond, fait venir en 1626 des ouvriers des Pays-Bas spécialisés dans la fabrication de fer-blanc. Sa fabrication est encore attestée en 1726. A cette époque, l’usine est louée par la comtesse de Poitiers à une association d’entrepreneurs parisiens, et modernisée. Le haut fourneau est arrêté vers 1732 par manque de minerai, seule la forge poursuit son activité. Acquise vers 1740 par M. Renouard de Sainte-Croix, l'usine est exploitée jusqu’au début du 19e siècle par son fils. La production de la forge passe de 150 milliers de fer en 1755 à 400-500 milliers en 1772, et 350 milliers en 1788. En 1772, l'établissement compte deux feux de forge et une fonderie. A cette date, un tiers de la production est converti en fer laminé (pour cercles de futailles), un tiers transformé en verges pour la clouterie et le tiers restant vendu en barres.

En 1811, l’usine compte deux feux de forge, une fenderie, une scierie et un moulin. Elle produit annuellement 60 tonnes de "fer en barres et en cercles". Vers 1820, les frères Mercier, associés à M. Mouret, de Bartherans, acquièrent et agrandissent l’usine métallurgique. Ils implantent une tréfilerie autorisée par ordonnance royale du 27 octobre 1824. Elle se compose de 18 bobines, mises en jeu par trois roues hydrauliques établies sur le bief du moulin. L’établissement reçoit ses gueuses de fonte des hauts fourneaux de Haute-Saône. Il produit annuellement 250 tonnes de métal de ses feux d'affinerie, un tiers est laminé pour en faire du fer-blanc et des cercles de futailles, un autre tiers est converti en verges crénelées prêtes à être filées, le reste étant vendu directement en barres. En 1826, l'usine emploie 54 ouvriers et produit annuellement 300 tonnes de fer en barres, dont 60 tonnes sont convertis en verges et en "fer martinet", et le reste transformé en fil de fer "de tous numéros". Un état de 1832 précise la consistance de l’usine : une tréfilerie de 20 mouvements, deux martinets, une maréchalerie, un cylindre, une fabrique de clous et une chaînerie. L’effectif est alors d’une trentaine d’ouvriers. La production décline dans la décennie 1830, seuls un feu de forge, un martinet et six mouvements de tréfilerie sont en service. A cette époque, Mouret, de Bartherans et M. Velloreille, propriétaire des forges voisines de Chenecey (IA25001595), en sont propriétaires. L’établissement produit 160 t de fil de fer et emploie 34 ouvriers en 1840. La tréfilerie et le feu de forge sont arrêtés vers 1855.

En 1856, Claude Narcisse Bourgeois est donné comme propriétaire d’une "maison et moulin", consistant en un moulin à 4 paires de meules, une huilerie et une ribe à chanvre. La matrice cadastrale mentionne une "modification par suite de démolition", correspondant à la suppression des ateliers situés sur la rive droite du bief (forge, tréfilerie, maison de maître). Le logement ouvrier édifié au nord du site est détruit à ce moment-là. En 1860, le moulin se compose de huit paires de meules, d’une scie verticale, d’un battoir à blé et d’une ribe à chanvre. Le site est acquis par François Latrive vers 1878, lequel construit un atelier en 1880 (à l’emplacement du martinet) et démolit quelques bâtiments en 1883, toujours sur la rive droite du bief. L’établissement est vendu vers 1891 à Conrad Mantel, "industriel à Scey-en-Varais, puis peu après à Xavier Catelain. Le bâtiment du moulin est touché par un incendie, vraisemblablement en 1893.

Peu après, la ville d'Ornans achète les bâtiments et le cours d'eau, avec l’intention d’y établir une usine électrique pour assurer l'éclairage de la ville. Une turbine de 80 chevaux est installée. En 1905, Emile Bouzereau, électricien à Ornans, devient "concessionnaire de l’éclairage public de la ville d’Ornans", avant d'acquérir le site en 1909. En 1914, la centrale hydroélectrique utilise une turbine Singrün de 75 kW sous une chute de 2,20 m, et distribue l'énergie aux communes de Cléron, Ornans et Scey-en-Varais. La centrale est reprise par la société des Forces Motrices de l’Est dans les années 1930, puis par EDF après la Seconde Guerre. L’usine hydroélectrique est arrêtée vers 1960. Les bâtiments sont vendus à un particulier et transformés en habitation.