Le barrage projeté par le chevalier Picot de Moras, ingénieur en chef de la place de Besançon, en remplacement de celui du moulin de Rivotte, est construit par le service des Ponts et Chaussées, de même que l'écluse à sas n° 49 située à son extrémité. L'entrepreneur Etienne Boussard, de Froidefontaine, le bâtit en 1829-1830 suivant le projet de l'ingénieur en chef Rance. Le 3e Plan de Modernisation et d'Equipement (1957-1961) prévoit, par un relèvement du plan d'eau de 0, 40 m, de porter le mouillage du canal à 2, 60 m afin d'obtenir un tirant d'eau (enfoncement) de 2, 20 m. Souhaitant tester un système permettant de limiter l'impact de ces travaux sur l'importance des crues, l'ingénieur Escoffier propose, outre le rehaussement de la crête du barrage de la Malate par un muret en béton, de l'équiper d'une bouchure mobile composée de deux vannes clapet, dont la deuxième ne sera mise en place que si l'autre donne satisfaction. La fourniture de la vanne clapet fait l'objet, le 1er juillet 1959, d'un marché de gré à gré avec l'Entreprise d'Equipements mécaniques et hydrauliques (E.M.H.). Le 7 novembre suivant, un second marché est passé pour la partie maçonnerie avec l'entreprise bisontine de travaux publics G. L'Héritier. Ces travaux font l'objet d'un procès-verbal de réception provisoire le 31 mai 1961 (avec réception définitive un an plus tard pour l'E.M.H.). Cette expérience n'est pas rééditée pour les autres barrages du canal - soit qu'elle ait été jugée insatisfaisante, soit que la perspective du canal à grand gabarit l'ait condamnée - si bien que le barrage de la Malate est actuellement le seul de ce type sur le canal du Rhône au Rhin.