L'avant-projet d'amélioration du canal du Rhône au Rhin par creusement d'un tunnel sous la citadelle, présenté par l'ingénieur des Ponts et Chaussées Rascol en 1872, comporte à chaque extrémité de la dérivation un bassin de garage avec possibilité pour la municipalité d'y établir des ports. L'ingénieur en chef J. Maurel y apporte quelques modifications, notamment l'aménagement d'une anse à l'extrémité aval du tunnel " de manière à permettre l'évolution des bateaux entre les 2 écluses ", avec bassin de garage. Le projet définitif, présenté par Rascol en 1877 et modifié l'année suivante, intègre l'agrandissement du bassin de Tarragnoz (pour former une anse de 72, 50 m) et la création d'un port insubmersible dans l'île le bordant au sud. L'ensemble des travaux du tunnel est adjugé le 2 juillet 1878 à Jacques Troglia, entrepreneur italien établi à Lausanne, et achevé avant le 30 mars 1882, date de la mise en eau. Le tunnel est inauguré le 30 avril 1882. Toutefois, le changement d'axe (de 108 °) entre les écluses et la proximité des canaux d'amenée de l'usine, générant un fort courant, rendent la navigation difficile dans le bassin si bien que les bateliers se plaignent, via la Chambre syndicale de la Marine. Une estacade, composée de 31 fermettes métalliques (fournies par la société bisontine Douge) reliées par des lisses horizontales en bois, est donc mise en place en août 1887 par Auguste Schwander, entrepreneur de Travaux publics à Colombier-Fontaine (Doubs), suivant des plans de Paul Schoendoerffer. Cette estacade est remplacée en 1939 par la SA des Anciens Etablissements Ed. Zublin & Cie et A. Perrière & Cie, Entreprise de Constructions en béton et béton armé, établie à Strasbourg. Faisant l'objet de deux marchés en 1938, le nouvel ouvrage est reçu provisoirement fin 1939 (il aurait été détruit dans les années 1940 et reconstruit par la suite).