L'hôtel a été construit entre 1739 (date de la requête en voirie) et 1741 (date portée par plusieurs plaques de cheminée) pour Joseph Lebas de Clévans, conseiller au parlement. Il reprend dans sa forme et sa distribution l'hôtel Matignon (1720-1723) par l'architecte Jean Courtonne. Celui de l'hôtel de Clévans pourrait être Jean Querret, architecte et ingénieur des Ponts-et-Chaussées, arrivé en Franche-Comté en 1736, et pour qui Lebas de Clévans a établi en 1744 une rente sur un capital de 8000 livres. L'hôtel est vendu en 1804 par Charles-Alexis Le Bas de Bouclans, fils de Joseph, à la famille de Germigney. Il est loué en 1818 à l'armée pour servir de Quartier général, puis acheté par l'Etat (ministère de la guerre) en 1854, pour péréniser cette affectation qui existe toujours. L'édifice n'a pas subi de bouleversements architecturaux majeurs depuis sa construction. Au 19e siècle, la galerie située au rez-de-chaussée de l'aile gauche a été recoupée en plusieurs pièces, et un couloir aménagé au premier étage pour rendre plus intimes les pièces de ce niveau. Le jardin a été transformé en parc à l'anglaise au cours de ce même siècle. Résidence du général commandant d'armes de la place de Besançon, l'édifice a accueilli entre 1873 et 1879 le duc d'Aumade (fils du roi Louis-Philippe). Le général de Lattre de Tassigny y a séjourné en 1944 pour préparer l'offensive vers l'est de la France. L'hôtel a aussi été le siège de la GESTAPO entre 1943 et 1944. Une petite pièce de l'aile gauche des communs sur cour servant de lieu de détention avant les interrogatoires a conservé sur ses murs des témoignages gravés par les détenus.