Une première école d’horlogerie est active à Morteau de 1836 à 1850.

En 1835, l’horlogerie est en crise dans la Haut-Doubs et dans la séance du conseil municipal du 8 février le maire de Morteau, Singier, signale que le cinquième des habitants est indigent dans une commune où « la mendicité est devenue [...] une véritable profession ». Il faut donc « faire renaître l’industrie de l’horlogerie pour faire renaître la prospérité dans cette commune » et pour cela, il faut y créer une école pratique, suivant le modèle suisse qui a vu en 1831 la mise en place d’établissements d’apprentissage au Locle et à La Chaux-de-Fonds. La municipalité s’engage à fournir un local rue des Marais (un bâtiment - aujourd’hui détruit - dans l’actuelle rue de la Gare), la somme de 1500 F et une subvention de 650 F (soit 65 F par élève indigent accueilli).

Avec l’appui du préfet Tourangin, l’autorisation est obtenue par décision du ministre des Finances le 8 mars 1836 (relayée par l’arrêté préfectoral du 11 avril suivant) mais l’école est placée sous la surveillance de l’administration des Douanes, opposée au projet par peur d’un risque accru de contrebande. La ville passe alors contrat avec trois professeurs - Bouttey, Vallangin et Rith - auxquels, outre la subvention pour huit garçons et deux filles nécessiteux, elle règle une subvention complémentaire de 400 F pour quatre élèves indigents supplémentaires. Jacques Bouttey est établisseur en horlogerie au Locle ; l’horloger Louis Vallangin fut élève de l’école de Châlons-sur-Marne et contremaître de l’école d’horlogerie de Mâcon ; Philippe Rith est comptable (« teneur de livres »). Ils créent deux sociétés supports destinées à fournir à l’école son encadrement (des horlogers confirmés) et à permettre la fabrication des mouvements et la commercialisation de sa production (afin de rémunérer les personnels) : la première, intitulée Bouttey Vallangin et Cie, est établie pour 6 ans le 16 juin 1836 avec pour objet la fabrication de l’horlogerie ; la seconde, fondée le 31 août et dénommée Vallangin et Rith, réunit pour 9 ans ce deux derniers afin de fabriquer des outils d’horlogerie.

L’école compte 35 maîtres, ouvriers et apprentis en 1837, 40 à 50 élèves en apprentissage sur trois ans en 1842. A cette date, la ville ne peut plus financer l’établissement mais Bouttey obtient d’exploiter l’école à son compte pendant six ans, bénéficiant d’une subvention de 1000 F du ministre de l’Agriculture et du Commerce et d’un prêt gratuit de 1000 F par le département. Fin 1843, l’école « est maintenant manufacture d’horlogerie et d’outils d’horlogerie, possède 63 ouvriers et a vendu pour 170 000 Frs de produits expédiés sur la France et sur la Suisse ». La Ville obtient le 23 novembre 1848 qu’elle soit prorogée de six ans mais elle disparaît en 1850 sans que l’on sache bien pourquoi : la fermeture est-elle due au départ de Bouttey pour Besançon où il va créer une fabrique d’horlogerie ? Au départ de son protecteur le préfet Tourangin ? Au décès en 1850 de l’abbé Jean-François Ballanche, curé de Morteau depuis la fin 1815, qui assurait peut-être le soutien financier de l’école ?

L’école d’horlogerie renaît près d’un siècle plus tard.

A la fin de 1944, le Syndicat des Fabricants d’Horlogerie du Vallon de Morteau (syndicat patronal fondé en 1892 et comptant une quarantaine de membres à l’issue de la deuxième guerre mondiale) et les syndicats ouvriers CGT et CFTC de Morteau fondent l’Association gestionnaire du Centre de Formation professionnelle de l’Horlogerie de Morteau (statuts publiés au J.O. le 26 octobre 1947). Le but initial - « la formation d’ouvriers spécialisés dans la terminaison des montres de qualité » par un apprentissage accéléré de 6 mois - est très rapidement considéré comme insuffisant et l’association exprime le souhait d’ouvrir une école d’apprentissage. La Ville soutient le projet, proposant un local : le rez-de-chaussée du bâtiment dit « de contrôle de l’or » (ancien presbytère et future MJC), situé au 2 place de l’Eglise. Il en est de même de l’Ecole nationale professionnelle d’Horlogerie de Besançon, dirigée par M Bastian, qui charge l’un de ses professeurs d’horlogerie, M Belin, de définir les besoins du futur centre. Le soutien de l’Education nationale (qui se substitue au ministère du Travail, au grand déplaisir de ce dernier) n’est toutefois pas suffisant car le salaire qu’elle propose aux formateurs - des professionnels de l’horlogerie - est moitié moindre que celui offert par les entreprises. Pour débloquer le projet, le syndicat patronal dirigé par Pierre Maillardet s’engage à financer la différence.

La première rentrée de l’ « école-atelier » a lieu le 1er octobre 1947 avec deux professeurs et 26 élèves. Par ailleurs, l’Education nationale accepte en avril 1948 (avec effet rétroactif au 1er janvier) de prendre en charge l’établissement qui devient sous l’intitulé « Ecole nationale d’Horlogerie de Besançon - Section de Morteau », une section détachée du centre d’apprentissage annexé à l’école de Besançon. Il peut ainsi préparer en trois ans au CAP d’horloger complet (qui deviendra en 1977 CAP d’horloger de fabrication, diplôme propre à l’académie de Besançon, présent jusqu’à la fin des années 1980). Le panel des enseignements comprend aussi une formation (en deux ans et non diplômante) de régleuse, proposée de 1947 à 1966 ; un CAP d’horloger rhabilleur en trois ans à partir de 1951 (et jusqu’à la fin de la décennie 1980), refondu en 1957 pour devenir le CAP horloger réparateur option montre ; une formation en mécanique à compter de 1957-1958.

Au milieu des années 1950, l’inspecteur général de l’éducation nationale Dhivers réalise une étude de faisabilité pour la création à Morteau d’un centre d’apprentissage de 320 élèves, doté d’un internat : 120 élèves en horlogerie, 100 en petite mécanique, 100 en commerce (employés). Un groupe scolaire est prévu pour assurer un enseignement technique et secondaire de la 6e à la terminale.

L’arrêté préfectoral d’expropriation du 17 mars 1958 permet l’acquisition d’un terrain de 7,5 ha rue de la Louhière. Etudes et définition du projet ont lieu de 1958 à 1960, la construction de 1960 à 1963 pour un montant final (révisé en août 1966) de 6 736 638 F. Les bâtiments sont dus au parisien Jean Papet (1889-1965), architecte des Bâtiments civils et Palais nationaux, l’un des auteurs de l’Ecole supérieure d’Electricité à Malakoff, par ailleurs constructeur de plusieurs hippodromes, établi au 63 rue de Rome (dans le 8e arrondissement). Associé à un architecte local, Pierre-Marie Gaiffe (72 Grande Rue, à Besançon), Papet rédige un premier projet, approuvé le 28 mars 1959, puis un second en 1960, suite à la suppression de l’internat des garçons finalement disposé dans les combles de l’externat. Le programme comprend donc quatre bâtiments : l’externat, l’internat filles, les services communs et les logements du personnel. L’externat doit se développer sur cinq niveaux : un demi sous-sol accueillant l’atelier d’ajustage (450 m2) - sa position enterrée permettant l’insonorisation des locaux -, la chaufferie et divers magasins ; un rez-de-chaussée surélevé avec l’atelier de mécanique (350 m2 avec une surcharge évaluée à 1500 kg / m2), l’administration et la conciergerie ; un premier étage avec l’atelier d’horlogerie (480 m2, surcharge de 400 kg / m2), le bureau d’étude et le réglage, le foyer ; le deuxième étage dédié à l’enseignement commercial et ménager ; le troisième étage, sous le comble, pour 13 boxes de 8 lits (soit 104 lits), en deux dortoirs, et un logement de fonction. Le Rapport explicatif des architectes, du 20 janvier 1960, précise : « Le poids des machines-outils devant équiper les ateliers de mécanique et d’ajustage du C.A. de Morteau, qui est donné par le Centre Pédagogique rue Corvisart, conduit à des surcharges utiles de l’ordre de 1.200 à 1.500 Kgs par m2 sur les planchers. » (A. CRFC : 2 W 491).

Dans le cadre de la procédure du 1 % artistique (imposant aux maîtres d’ouvrages publics de réserver 1 % du coût de la construction des bâtiments pour la réalisation d’une œuvre d'art spécialement conçue pour eux), un arrêté pris le 8 juin 1961 et modifié le 16 novembre 1964 agrée le sculpteur Georges Oudot (1928-2004), demeurant à Besançon, pour l’exécution d’un « ensemble décoratif composé d’une sculpture en granit de 3 m x 1,15 m x 1,20 m se détachant sur un fond de béton blanc de 8 m de longueur et se reflétant dans un bassin ». La sculpture, en granit vert, représente une femme couchée très stylisée.

Le groupe scolaire ouvre ses portes le 1er octobre 1963 (la réception provisoire a lieu le 18) et ses effectifs vont rapidement atteindre 400 élèves, dont 150 internes garçons et 50 filles. En son sein, le Collège d’Enseignement technique compte 90 élèves à la rentrée 1963, 175 en 1968. Il devient administrativement autonome en 1965, se dégageant de la tutelle de l’ « Ecole d’Horlo » (devenue lycée technique d’Etat d’Horlogerie de Besançon en 1960). Un BEP micromécanique option horlogerie (en deux ans) est créé en 1972 (il sera supprimé en 1990).

Le CET devient LEP - lycée d’enseignement professionnel - en 1977 puis LP - lycée professionnel - en 1987. Il est alors partie constituante du lycée polyvalent Edgar Faure qui ouvre en septembre de cette année.

En effet, le manque de structures pédagogiques dans le secteur du Haut-Doubs, l’évolution du taux de scolarisation et la configuration géographique du district scolaire de Pontarlier - soulignés par les associations de parents d’élèves qui insistent sur le nombre des communes (76) pour un petit territoire (838 km2) mais avec un potentiel d’élèves important - ont conduit les autorités académiques à réviser la carte scolaire. Morteau compte alors, à proximité immédiate l’un de l’autre, un collège (CES construit en 1968-1969, avec réception définitive le 19 février 1970), d’une capacité théorique de 996 places et comportant une section d’éducation spécialisée (SES), et un lycée d’enseignement professionnel, de 432 places, qui nécessite d’importants travaux de rénovation. Après l’abandon rapide d’un projet de construction ex nihilo d’un lycée complet (trop coûteux), le rectorat adopte le principe de former une cité scolaire composée de deux unités, autonomes pédagogiquement, administrativement et financièrement : d’une part un collège, d’autre part un lycée associant LEP et lycée d’enseignement général (soit 948 élèves, répartis pour moitié entre la filière technique et la filière générale).

Une étude de faisabilité est confiée par le District du canton de Morteau au cabinet de l’architecte Claude Brandon, de Sochaux (2 rue de la Poste), pour l’occasion associé à son collègue Hubert Prillard, de Morteau (19 Grande Rue). Brandon préconise, en accord avec le rectorat et l’Académie, la construction d’un nouvel externat pour le lycée, la transformation de l’ancien en internat commun aux lycéens et aux collégiens, et la création d’un espace de restauration pour le lycée (le collège conservant le sien, bien équipé).

Le 3 septembre 1985, les architectes bisontins Jacques Tournier (né en 1934, auteur du lycée Victor Hugo à Besançon), établi au 38 rue Mégevand, et François Turina, au 5 rue d’Alsace, sont lauréats du concours organisé par les services de l’Equipement et de l’Education pour la construction de l’externat, dont le maître d’ouvrage est le District du canton de Morteau, propriétaire des terrains. Attributaire de la compétence lycée à compter du 1er janvier 1986, le Conseil régional participe au financement à hauteur de 88 % (pour sa part, le Conseil général intervient sur le collège).

Situé de l’autre côté de l’avenue Charles de Gaulle, et relié à lui par un passage souterrain réalisé de juillet à octobre 1987, le nouveau site est construit de novembre 1986 à avril 1989 par la S.A. Groupe 1000 (société créée en 1986 et regroupant 35 entreprises soit environ 1000 personnes), attributaire du marché le 23 octobre 1986, et l’entreprise locale de maçonnerie et travaux publics Ruggeri, fondée en 1952. Partiellement ouvert à la rentrée 1988 (externat et demi-pension), l’établissement est inauguré le 28 janvier 1989, devenant ainsi le premier lycée bâti par le Conseil régional. Les sections horlogères y sont transférées la même année tandis que les anciens bâtiments, réhabilités au début de la décennie suivante, accueillent les internats et les services communs (infirmerie, restauration, etc.). A noter la réalisation en 1987 d’une chaufferie au bois commune au lycée et au collège - née de la collaboration du District, du Département et de la Région - et d’un gymnase l’année suivante.

La procédure du 1 % permet également la création de deux œuvres. La première, due au sculpteur Henri Comby (1928-2004), établi à Flassans-sur-Issole (Var), associe des panneaux de grés émaillé colorés et des éléments en lamellé-collé (triangle, cercle, carré...). La deuxième, dans le hall de la cour d’honneur, est l’œuvre du sculpteur bisontin Paul Gonez (1946-) : une sculpture insérée dans le mur, avec grille circulaire, et un ensemble au sol de motifs en demi-sphère, avec disque ailé.

Les formations sont rénovées : un nouveau CAP d’horloger remplace les deux précédents en 1989. Lorsque la section horlogère du lycée Jules Haag (ancienne école nationale d’horlogerie) de Besançon disparaît, en 1988, la section bijouterie est transférée à Morteau où, en 1990, ouvre une formation unique en France : un Bac professionnel (en deux ans) des métiers d’art option horlogerie. En 1997 est aussi créée une classe préparatoire (en deux ans) au Diplôme des métiers d’art option horlogerie.

Les locaux sont modifiés au cours des décennies 1990-2000.

Sur le site d’origine, le bâtiment de l’internat filles est affecté à partir de 1990 au Groupement d’Etablissements du Haut-Doubs (Greta), qui dispense une formation pour adultes (en un an) sanctionnée par un CAP horloger transfrontalier. Par ailleurs, une nouvelle chaufferie automatique remplace la précédente à la suite d’un incendie en 1996. Elle est équipée d’une chaudière à bois Weiss de 3000 kW (couvrant alors 90 % des besoins), avec silo de stockage de 400 m3, complétée par une chaudière à gaz de 2900 kW. L’ancien externat, transformé en internat, est totalement rénové en 2005.

Sur le site récent, la toiture du bâtiment dédié aux laboratoires techniques et aux ateliers de bijouterie (F) est rehaussée en 1997-1998 afin d’aménager des salles de cours dans le comble (architecte J. Tournier). Le pôle bijouterie est restructuré en 1999 (architectes Dufay - Serdaroglu, avenue Cusenier à Besançon) et le cabinet d’architecture François Solmon (16 rue Charles Lalance, à Montbéliard étudie actuellement une nouvelle extension, devant associer réorganisation interne et construction de 2000 m2 de salles.

L’établissement comptait 1093 élèves (encadrées par 171 personnes dont 105 professeurs) en 1991, il en totalise environ 2000 en 1998. En 2011, il accueille 1517 personnes : 184 à l’encadrement (dont 132 professeurs), 1267 élèves et 61 apprentis.