Fortement industrialisé, le département du Doubs a été subdivisé en quatre ensembles géographiques distincts afin d’étudier au mieux les composants de son patrimoine industriel (2011-2020). On distingue au nord le Pays de Montbéliard, à l’est le Pays horloger, à l’ouest la ville de Besançon et, dans la partie centrale et méridionale, une aire d’étude appelée Vallées, plateaux et montagnes du Doubs.

Réalisé entre 2011 et 2013, l’inventaire du patrimoine industriel du Pays de Montbéliard (7 cantons regroupant 77 communes) a donné lieu à la constitution de 212 dossiers monographiques. L’étude menée sur le Pays horloger (quatre cantons et 78 communes) a généré 780 dossiers pendant les années 2013-2020. L’aire d’étude des Vallées, plateaux et montagnes du Doubs (18 cantons regroupant 424 communes), étudiée entre 2014 et 2017, a donné naissance à 303 dossiers. 102 dossiers ont été réalisés en 2017-2018 pour la seule commune de Besançon.

Parmi les actions de valorisation du patrimoine industriel du département, on distingue :

-un cycle de 17 conférences a été organisé du 8 septembre 2016 au 7 juillet 2017 par la Région, le Pays horloger et l'Association des Amateurs d'Horlogerie ancienne (Afaha) dans différentes communes du Doubs et en Suisse. Un recueil d'actes, intitulé L'Horlogerie, fille du temps, est paru le 3 juin 2017 à l'occasion de la table ronde mise sur pied dans le cadre des 24 Heures du Temps, à Besançon.

-deux ouvrages de synthèse portant sur les aires d’étude du Pays horloger et du Pays de Montbéliard ont été publiés dans la collection Images du Patrimoine. Le Pays de Montbéliard et son patrimoine industriel est paru en 2014, et Autour de la montre en Pays horloger en 2019.

-les dossiers monographiques du Doubs ont également largement contribué à alimenter un autre livre de synthèse de 416 pages, consacré au patrimoine industriel de Franche-Comté, publié en septembre 2021 (Franche-Comté, terre d’industrie et de patrimoine).

-une exposition intitulée L'horlogerie dans ses murs. Lieux horlogers de Besançon et du Haut-Doubs a été coproduite avec le musée du Temps, de Besançon. Initialement prévue du 18 mai au 6 octobre 2019, cette exposition a été prolongée jusqu'au 5 janvier 2020 et s'est accompagnée de la réalisation d'un catalogue.

-différents circuits de visites ont été mis sur pied (Pays horloger et ville de Besançon).