Ce port fut aménagé en même temps que le bief de partage, dans le deuxième quart du 19e siècle. L'agrandissement du port de Baye est adjugé le 29 juin 1846 : "Lorsqu'on a construit la rigole qui amène au bief de partage les eaux de l'étang de Vaux et qui vient se jeter dans le bassin dit des Poujats, la partie inférieure de cette rigole sur 300 m de longueur a été élargie de manière à lui donner la section ordinaire du canal, c'est-à-dire 10 m de largeur à son plafond avec talus de 1 ½ de base sur 1 de hauteur, afin de permettre aux bateaux d'y circuler et d'y stationner" (Archives nationales, F14 6986). Mise en place d'un service de touage en 1901 ; le toueur fonctionnait grâce à un système à chaîne noyée. Il fut remplacé ensuite par un remorqueur qui servirait maintenant de brise-glace pour le canal de Briare. (E. Guillien, Un canal qui faillit être une impasse! Ou la liaison Loire-Seine à travers le Nivernais et les Vaux d'Yonne, 1999) En 1993, un bâtiment est construit sur le port, transformant le site en base nautique. Il fait partie d'une série de constructions contemporaines commanditées sur le canal du Nivernais par le Syndicat Mixte d'Equipement Touristique du Canal du Nivernais.