La mise en bouteilles de l'eau de la source Saint-Léger est attestée dès l'Ancien Régime. La découverte de la nouvelle source Saint-Marcel (1833) n'a pas de conséquence directe sur l'activité d'embouteillage dans la mesure où ses eaux servent exclusivement aux bains et aux douches de l'établissement thermal. La source Saint-Léger, aux eaux gazeuses, demeure réservée à la consommation sur place et à l'embouteillage.

Procédé d'embouteillage au milieu du 19e siècle

Un ancien magasin est signalé par Félix Roubaud : il correspond au bâtiment à lucarne pignon visible à l'extrémité gauche d'une gravure publié dans son guide (1860) alors transformé en café-fumoir. L'auteur ne décrit pas la nouvelle usine de mise en bouteilles qui la remplace alors, mais s'attarde en revanche sur le procédé d'embouteillage. Un "tube en métal anglais" est plongé à deux mètres de profondeur dans la source et une conduite le relie jusqu'à un réservoir fermé situé dans l'usine. Pour éviter que le fer et l'iode ne se précipitent et que le carbonate de chaux ne forme des concrétions sur les parois des bouteilles, l'eau minérale est embouteillée avec l'acide carbonique, selon un procédé qu'il décrit en détail : "Pour recueillir le gaz, on fait couler dans l'intérieur de la margelle du puits et plonger dans l'eau à quelques centimètres, un immense couvercle en tôle qui empêche le dégagement du gaz et dans lequel celui-ci s'amasse. Ce couvercle est armé, à sa partie supérieure, d'une virole à laquelle s'adapte un conduit qui, souterrainement, communique avec un réservoir placé dans le magasin à embouteillage, à côté de celui qui reçoit l'eau minérale. Chacun de ces réservoirs est armé d'un tuyau qui vient aboutir à une sphère creuse que supporte l'appareil à remplir et à boucher les bouteilles. Dans cette sphère est un battant qui se meut au moyen d'une roue que manœuvre un homme de peine. [...] Avant d'ouvrir le robinet de dégagement, et alors que la sphère est remplie d'eau et de gaz, on met en mouvement le battant qui, dans sa rotation rapide, emporte gaz et liquide, et les force à se mélanger d'une manière intime. C'est alors que l'on ouvre le robinet de dégagement qui plonge dans le goulot de la bouteille. [...] La quantité de gaz, ainsi mélangé au liquide, n'est pas livrée au hasard ; elle est au contraire exactement calculée au moyen d'un manomètre placé au devant de la boule creuse, et cette quantité ne peut, sans de graves dangers, dépasser cinq atmosphères."

Roubaud conteste l'altération des qualités de l'eau par le transport, mis en avant par certains. Le procédé utilisé à Pougues respecte selon lui les propriétés chimiques et physiques de l'eau, et ce d'autant plus qu'il ne s'agit pas d'une source chaude. La mise en bouteilles de l'eau minérale de la source Saint-Léger permet les cures à distance, en dehors de la saison thermale. D'après Roubaud (1870), le nombre de bouteilles commercialisées a quadruplé, passant de 50.000 en 1859 à 100.000 en 1863 et 200.000 en 1866, ce qui laisse supposer une importante modernisation des équipements à cette époque. Castanié (1868) indique que les bouteilles se vendent 70 centimes l'unité. Des pastilles (à 2 francs la boîte) et des sels pour le bain (à 1 franc le rouleau) sont également vendus.

Construction d'une nouvelle usine de mise en bouteilles (1877)

Une nouvelle usine de mise en bouteilles est construite par Charles Naudet en 1877. Elle est le seul bâtiment conservé du site portant une inscription (plaque au pignon ouest). Elle se compose d'un vaisseau central s'étendant sur six travées, encadré par deux vaisseaux latéraux. Ses volumes extérieurs ont été conservés. Janicot (1881) décrit la crypte d'embouteillage : "Cette crypte est un profond et vaste puits carré, aux parois en pierre de taille jointoyées au ciment, et rappelant — sauf les cases — les columbaria où les Romains rangeaient leurs urnes cinéraires. On y descend par une raide échelle en fer solidement cramponnée au mur. Là-bas, c'est une complication de tuyaux, de robinets, de leviers, de machines, et un entassement de bouteilles vides, de bouteilles pleines, qui font parallèlement la navette — du haut en bas et de bas en haut — au moyen d'un ascenseur prudent." Il évoque également le magasin et les ateliers : "Le magasin empile sans cesse une réserve énorme de bouteilles de Rive-de-Gier [dans la Loire] et les ateliers fabriquent, sans repos, les caisses d'exportation". Dans un plan levé en 1928, le vaisseau central du bâtiment est occupé par un magasin de stockage de bouteilles pleines. Les deux travées orientales, du côté du quai de chargement, sont consacrées à l'emballage. Le bas-côté nord est occupé par un magasin d'étiquettes et de cases à bouteilles pleines, le bas-côté sud par des ateliers de menuiserie et des magasins d'emballage et de publicité. La toiture est surmontée d'un réservoir d'eau pour le rinçage.

D'autres bâtiments sont construits à l'ouest et au nord, sans doute dans les années 1880 et 1890. Julien Gonzalez (2005) date une partie des bâtiments de 1896-1897. Devant le mur-pignon ouest, un bâtiment en brique (détruit) abrite des ateliers de réparations et une salle des machines dans le plan de 1928. Juste à côté, au nord, se trouvent deux pavillons séparés par un couloir (détruits) ; il s'agit sans doute dès l'origine de bureaux. Enfin, contre le flanc nord du bâtiment principal, un grand hangar en bois (détruit) sert au rinçage, au tirage et à l'étiquetage. Des projet de travaux de construction d'une galerie souterraine reliant la source Saint-Léger et la fosse d'embouteillage avec une chambre pour la pompe à proximité du puits sont attestés en 1894-1895. Il est encore question d'une galerie à construire en 1908.

Plus de 1,1 million de bouteilles sont expédiées en 1900. Le chiffre augmente encore au cours des années qui suivent. La production atteint plus de 1,5 million de bouteilles en 1909 et 1,7 million de bouteilles en 1911. À la production de l'usine du site Saint-Léger s'ajoute, à cette époque, celle de l'usine du Ponteau qui appartient également à la Compagnie, soit environ 1 million de bouteilles supplémentaires. En 1910-1911, le conditionnement évolue avec le remplacement des bouchons en liège par des bouchons en métal, qui permettent une plus grande stabilité de la composition de l'eau. La commercialisation et les expéditions sont principalement orientées vers l'Île-de-France.

Changement de destination du bâtiment

La Compagnie fait le choix de développer l'usine du Ponteau, directement raccordée à la voie ferrée, dans les années 1920. C'est désormais sur ce site que se concentre l'activité de mise en bouteilles. Un "plan général du tracé des conduites d'eau douce et d'eau minérale à établir dans une même tranchée entre l'établissement thermal Saint-Léger et la source Alice [sur le site du Ponteau]" est conservé dans les archives, mais n'est pas daté. Le tracé contourne le quartier thermal par le nord-ouest et passe sous l'avenue de Paris. En 1930, on demande à des entreprises de charpenterie et de menuiserie des devis pour le démontage et le remontage sur le site du Ponteau de l'ancien hangar de rinçage, de tirage et d'étiquetage. Il est finalement conservé, au moins dans un premier temps, pour servir de garage au Splendid-Hôtel. En 1933, Pol Abraham et Henry Le Même proposent un devis pour la construction d'un plancher en béton au-dessus de l'ancienne chambre d'embouteillage.

Robert Riniéri élabore pour la Compagnie des Eaux minérales de Pougues un projet de transformation du bâtiment principal en salle de cinéma en 1950. Le devis estimatif s'élève à 1.902.408 francs. Le projet n'aboutit pas et le bâtiment tombe peu à peu en ruine après la disparition de la Compagnie (1976). Il est finalement transformé en lieu d'exposition pour le centre d'art contemporain Parc Saint-Léger par l'architecte Benoît Crépet en 2001.