Une première église est fondée vers le 10e siècle. Elle fut construite à l'écart du village (à environ 500 m du village actuel) sur une éminence en bordure de la Saône. En 1715, avec l'accord de l’archevêque de Besançon, l'église est transférée au centre du village. Claude-François de Salivet, seigneur de Fouchécourt, fait don à la paroisse d'une nouvelle église. L'ancienne est abandonnée et tombe en ruines. Des fouilles menées au cours du 19e siècle mettent en avant ses dimensions importantes, typiques des églises de campagne réunissant plusieurs villages lors des cérémonies.

En 1843, la commune constate le mauvais état de l'édifice et fait appel à l'architecte Servas afin de restaurer l'église et de reconstruire le clocher. Le 4 juillet 1843, il livre des plans où il propose la reconstruction totale de la façade principale, du clocher et des parties supérieures de la nef (murs et fenêtres). Les travaux sont achevés en 1844. En 1924, la commune entreprend des travaux de restauration : l'architecte Humbert constate l'état de détérioration avancée de la charpente et de la toiture du clocher. Des réparation s'imposent aussi à l'extérieur et à l'intérieur de la sacristie. Le devis s'élève à 5391 francs, montant approuvé par la préfecture. Les travaux de réparation sont réalisés par M. Jobert, entrepreneur à Port-d'-Atelier.