Le pont traverse une vaste étendue de prairies basses et humides baignées par des ramifications de la Mance. Autour de 1610, une "levée" (une chaussée) de 400 toises aux pieds le comte (environ 840 mètres) est construite pour la traverser. Elle comporte au moins 25 arches isolées, déjà dans un état insatisfaisant en 1682. Des travaux d'entretien sont exécutés en 1716, 1736 et 1745 à la suite de dégâts occasionnés par les crues. Alors qu'il est déjà envisagé en 1774 de reconstruire entièrement la voie et ses multiples arches, c'est en 1782, à la requête de la ville de Jussey, que l'intendant Charles André de Lacoré en ordonne les travaux. Ils sont d'autant plus nécessaires que cette voie fait partie de la grande route de Besançon à Nancy. La nouvelle route sera reconstruite sur une largeur uniforme de 30 pieds (9,7 mètres), sur un talus de terre. Les eaux de la Mance, canalisées en un canal neuf, seront enjambées par un pont unique. Ce dernier est dessiné par l'inspecteur général des ponts et chaussées Philippe Bertrand, qui rend un projet complet le 15 juillet 1784. Le 18 février 1786, l'entrepreneur Prothade Jeannin remporte l'adjudication pour 27 500 livres. Il est décidé que le pont de pierre sera établi sur un ensemble de pilotis de bois de chêne. D'après le devis de Bertrand, la pierre de taille devra venir de Cendrecourt, et pour réaliser le mortier, le sable sera issu de la rivière de la Saône et la chaux du village de Saponcourt. Le 8 octobre 1787, l'inspecteur des ponts et chaussées Claude Ignace Lingée réalise la réception des travaux.

Jugés trop étroits pour la circulation automobile et piétonnière, les ponts de Jussey placés sur le chemin de grande communication n° 3, dont celui-ci, sont élargis par décision municipale du 14 février 1925. Les trottoirs placés en encorbellement de chaque côté du pont ont dû être réalisés peu après.