Dès le 11ème siècle, les moines de l'abbaye de Tournus installent un port à Louhans (Juénin, Histoire de l'abbaye et de la ville de Tournus) qui devient un relais sur la route du sel menant des salines de Lons-le-Saunier (Jura) à la vallée de la Saône. Un pertuis - ou écluse -, nommé Jean de Lyon, est mentionné anciennement sur la Seille, lors de la visite de 1603. Cette année-là, le grand maître des eaux et forêts visite la rivière en vue de sa canalisation avec trois élus des Etats d'Auxonne. Les habitants de Louhans demandent avec énergie que leur ville soit désenclavée par ce biais. Il s’agit de faciliter les échanges entre le Jura, où la Seille prend sa source, la Bresse, et les villes sur la Saône, Chalon et surtout Lyon. Le projet, comprenant trois écluses, ne fut pas exécuté, par manque de moyens financiers. En 1774, Pierre Joseph Antoine rédige un projet de navigation des rivières de la province. En 1776 et 1777, les Louhannais envoient M. Debranges pour défendre le projet de canalisation. En 1784, le roi concède aux Etats de Bourgogne le droit de rendre la Seille navigable depuis Louhans jusqu’à la Saône, et de percevoir un péage pour rembourser les frais. En 1784, Emiland-Marie Gauthey reprend les études commencées avec Pierre Joseph Antoine en 1781. Le projet est approuvé par les Etats de Bourgogne en 1784 et par les Ponts et Chaussées en 1786. Les travaux commencent effectivement par du terrassement en 1793. Plusieurs changements importants sont apportés au projet suite à une visite de Gauthey sur place : les crues ont fait bouger les berges, les moulins se sont agrandis, il faut modifier les emplacements des écluses et des canaux de dérivation. Les premières fondations des écluses de Branges et de La Truchère sont posées en 1797. Des problèmes de trésorerie les arrêtent. En 1802, après des tractations diverses, le chantier, financé par une société d'administrateurs des Salines de Montmorot est remis en route : les Salines attendent un approvisionnement plus facile en charbon. Les ingénieurs envisagent la construction des maisons éclusières. C’est un décret de Napoléon, en 1804, qui relance les travaux. L’entreprise Gaguin termine l'écluse de la Truchère en 1805. Le reste est mis en sommeil faute de décisions sur les emplacements des écluses de Loisy et de Cuisery. Les quelques travaux effectués s’accélèrent en 1811 : les maisons de Cuisery et Loisy sont terminées. Le chantier connaît de multiples aléas, liés aux caprices du climat et de la rivière, ainsi qu’à l'instabilité politique pendant la Révolution française. L’ensemble est presque achevé en 1818, soit 34 ans après la décision d'origine. A cette date, il reste encore à améliorer le chemin de halage. Des ponceaux et aqueducs sont sans cesse reconstruits ou créés. La dernière boucle, celle du pré aux Fleurs, sur Sornay, ne sera coupée qu’en 1830. En 1894, l'écluse de la Truchère passe au gabarit Freycinet pour accueillir de plus grandes péniches. Le transport de marchandises s’arrête définitivement en 1976. La Seille aujourd'hui est exclusivement consacrée au tourisme fluvial.