Un passage d'eau est mentionné sur la carte de 1862 au niveau du pont de Thorey. D'après le Tableau des ponts dressé le 30 octobre 1884 (3 S 44), le pont de Thorey a été construit en 1865. Il s'agissait d'un pont de 5 travées, en arc de cercle en fer avec platelage en bois et quatre piles en maçonnerie ; ce que confirme le dessin de 1899. L’État des ouvrages de la navigation (3 S 10) indique que le pont métallique de Thorey est à péage et que son entretien incombe aux concessionnaires de l'ouvrage. Les rapports et délibérations du conseil général de Saône-et-Loire précisent que le pont de Thorey a été concédé par décret du 28 mars 1863 à une société locale représentée par M. de Verchère, son gérant, domicilié à Saint-Germain-du-Plain et qu'en 1865, les travaux sont terminés.

Ayant subi des dommages pendant la Seconde Guerre mondiale, le pont de Thorey a été reconstruit au début des années 1970 (Archives Nationales - répertoire 19770666/25).