C'est à la limite entre la Bourgogne et la Bresse que la ville de Tournus s'est développée, le long de la rive droite de la Saône, quelque peu en aval de sa confluence avec la Seille et à égal distance entre Chalon-sur-Saône et Mâcon. Ch. Sardy précise que le site de Tournus s'est implanté sur une terrasse de la Saône, à l’abri des inondations ; cette dernière séparant la ville de la Bresse.

A la période gallo-romaine, Tournus est une petite agglomération fortifiée en bordure de Saône. Ce castrum correspond au quartier sud de la ville actuelle, autour de la Madeleine, dont l'occupation semble avoir été continue de l'Antiquité tardive au Moyen Âge. C'est principalement au Moyen Âge que la ville se développe, avec notamment, ses fondations monastiques (Saint-Philibert, au nord). Les études de B. Saint-Jean-Vitus ont mis en évidence une croissance urbaine au 13e siècle et au début du 14e siècle (habitat bourgeois) : "Le bourg semble s'être développé à partir du noyau urbain de l'ancien castrum et jusqu'à l'abbaye le long de l'ancienne voie romaine, autour d’églises et d'oratoires sous la tutelle des moines". La forme de la ville actuelle n'est apparue qu’au 14e siècle, avec des maisons qui s’ouvrent sur la rue par un large portail desservant des espaces de travail et de stockage en partie basse, tandis que l’habitat se concentre à l’étage.

Thomas Dumorey décrit le passage de Tournus dans son Mémoire de 1779. Il rappelle que le passage des chevaux de tirage le long de la ville y est très étroit dans le temps des bonnes eaux et qu'il est embarrassé par des murs, des dépôts de pierre et autres matériaux. Il poursuit en expliquant qu'une ancienne tour des fortifications de la ville fait saillie de tout son diamètre dans la rivière gênant le chemin du tirage. Il préconise donc de démolir cette tour (avec la permission du ministre). Il fait mention du port et du bac (en l'absence de pont) pour traverser la rivière et rejoindre la Bresse. Il détaille également les encombrements faits par la tuilerie située en aval de la ville et poursuit ainsi sa description jusqu'au Villars.

Un rapport de l'ingénieur ordinaire sur l'entretien des quais de la ville permet de comprendre leur composition au milieu du 19e siècle (le rapport est daté du 156 janvier 1863). La longueur totale des quais de la ville est de 1056 mètres pouvant se diviser en plusieurs parties : au niveau du quartier de la Pêcherie, entre la rampe amont et l'origine de la rampe amont du pont ; au niveau du port à gradins et entre le port à gradins et l’extrémité aval du quai. Ce découpage permet ici de définir la charge qui revient à la commune (pour 2/3) et celle qui revient à l’État (pour 1/3) pour l'entretien des quais (3-0 / B-1).

Concernant l'activité portuaire, une liste des ports dressée par l'ingénieur ordinaire le 17 septembre 1919 (3 S 9) indique que le tonnage maximum annuel pouvant être admis dans les ports de Tournus est de 10 000 T. Il est précisé qu'il existe trois ports sur la rive droite, à la suite les uns des autres : le port à gradins sur 104 m de long ; un bas-port de 81 m de long et un port incliné de 250 m de long mais aucun n'est muni d'un outillage spécial. Une ligne de tacot a été mise en place entre Louhans et Tournus de 1907 à 1938 et un embranchement desservait la Saône, rive gauche, pour faire la liaison avec les marchandises transitant par bateaux. En 1955, un peu plus de 37 000 t ont été déchargées à Tournus, ce qui est "un résultat intéressant eu égard à la modestie des installations" (d'après Chamboredon et Costet).