Le projet d'un pont à Tournus n'aboutit qu'au début du 19e siècle (la traversée de la Saône se faisait alors par bacs, un pour les piétons et un pour les voitures). Deux arrêts du Conseil d'État en 1781 et en 1785 autorisent la ville à construire un pont. L'adjudication a lieu en avril 1790 mais elle est annulée, de même que la suivante en 1793. Un nouveau projet est présenté avec la création d'un droit de péage au profit de l'adjudicataire des travaux (pour une durée de 50 ans). La loi qui autorise la construction du pont date du 11 vendémiaire an VII (soit le 2 octobre 1798). L'adjudication conservée aux archives (1 0 / D 1) a été lancée le 6 pluviôse an VII (soit le 25 janvier 1799) et liste les tarifs du péage pour le passage du pont. Commencé le 13 juin 1799, le pont en bois a été mis en service en décembre 1802 puis remplacé en 1838 par un pont en fils de fer. La banquette de halage sous le pont de Tournus date de 1840 (3 S 9). La carte de 1862 fait mention d'un pont suspendu à 5 arches.

Dès 1866, le pont présente des signes de faiblesse et, en 1869, un pont en pierre est construit. Selon Meulien, "ce pont construit en pierres et en briques, porte sur les anciennes piles ; il a été élargi et pourvu d'un trottoir pour les piétons ; il est regardé avec raison comme un des plus beaux de la Saône". Il poursuit en indiquant que le droit de péage a été supprimé en 1851, ce qui donna lieu à une grande fête.

Dans le Tableau des ponts dressé par l'ingénieur des Ponts et Chaussées le 30 octobre 1884 (3 S 44), il est précisé que le pont de Tournus a été construit en charpente en 1792, transformé en pont suspendu en 1838 puis en maçonnerie en 1868. Il dessert la route nationale 75 de Chalon à Sisteron. En 1884, le pont est en maçonnerie de pierre et de briques à 5 arches en arc de cercle.

Ce pont est détruit en septembre 1944. Le projet de l'ingénieur des Ponts et Chaussées prévoit alors 2 ponts : un pont suspendu à la place de l'ancien pont et la construction d'un nouvel ouvrage, plus en aval pour les poids lourds. Les anciennes fondations ne pourront pas être réutilisées. L'adjudicataire est l'entreprise Bollard de Paris. Livré à la circulation en 1950, le pont est fermé au début des années 1980. Le pont actuel est construit en 1989. Il est appelé pont Roger-Gautheron en mémoire de l'ancien maire de la ville (en 2011). À noter qu'une passerelle en bois avait été construite après les bombardements, à 200 m en aval de l'ancien pont.

Meulien précise bien qu'aucun historien n'a fait mention d'un pont à Tournus avant 1799 bien qu'une convention de 1507 entre les pêcheurs de la ville et l'abbé de Tournus mentionne l'existence de piles en rivière. L'historien attribue ces constructions au passage de la voie romaine entre Tournus et Louhans (p.179).