L'aménagement de la Grande Saône, en aval de sa confluence avec le Doubs, ne répond pas aux mêmes caractéristiques que celui de la Petite Saône. Dans la 1re moitié du 19e siècle, l'importance du trafic fluvial entre Chalon-sur-Saône et Lyon a d'office écarté les projets de barrages-écluses, de crainte qu'ils ne ralentissent les bateaux (cf. Situation des Travaux) : "Le volume des eaux de la Saône, grossies de celles du Doubs, a paru suffisant pour alimenter un chenal fixe à eaux courantes". Laval confirme cet état de fait dans sa notice de 1845. Il évalue à 8 le nombre de barrages qu'il aurait fallu construire pour compenser la pente de 12 m entre Chalon et Lyon, ce qui aussi bien économiquement que d'un point de vue du commerce fluvial n'était pas envisageable. Les travaux portent alors sur des rétrécissements partiels formés par des digues submersibles qui dessinent un lit mineur dans lequel se concentre la totalité du volume des basses eaux, augmentant ainsi la hauteur du mouillage. Ce dispositif se complète par des dragages ponctuels. La construction de défenses de rives (perrés) en moellons est destinée à prévenir la dégradation des berges. Toutefois, ces rétrécissements partiels n'ont pas permis de maintenir un niveau d'eau suffisant en toutes saisons et dès le début des années 1860, il est projeté de construire des barrages pour porter le mouillage à 1,8 m.

Le bief de Dracé a remplacé l'ancien bief de Thoissey, le barrage de Dracé (situé dans l'Ain - non étudié) ayant lui-même remplacé l'ancien barrage de Thoissey. Ce nouveau barrage se situe un peu en amont de l'ancien, détruit en 1978. Des vestiges de cet ancien barrage à aiguilles ont été replacés à l'entrée de Mâcon (en rive droite), au bout de la rue Pierre-de-Coubertin.

Plusieurs aménagements du 19e siècle sont encore conservés le long du bief, en particulier au niveau des anciens ports. On peut ainsi citer le port de Farges, d'Uchizy, de Jean-de-Saône, de Brouard ou Jean-Gras. Au port de La Salle, les berges témoignent encore de l'activité de l'ancien bac du port de Boz dans l'Ain, qui a succédé à un gué (cf. Annie Dumont).