Le port fluvial de Mâcon s'est créé au début du 20e siècle à l'initiative de la chambre de commerce de Mâcon. Un décret du 6 juin 1919 déclare les travaux d'établissement d'un port fluvial à Mâcon d'intérêt public. Dès 1926, il est en fonctionnement et il connaît un important trafic. À l'époque, il se trouve "au sud de la ville, en amont de la voie ferrée Mâcon-Genève, donc aisément raccordable à la gare, près de la RN6, sur des terrains mis hors-d'eau grâce aux remblais provenant du bassin intérieur aménagé, la zone concédée de 36 ha est reliée aux grandes voies de communication" (N. Commerçon). Ce port occupait une darse longue de 250 m et large de 60 m reliée à la Saône par un chenal de 12 m. Il a été inauguré le 22 mai 1927 par le ministre des Travaux publics, M. Tardieu. En 1932, de nouveaux terre-pleins permirent l’installation de dépôts d'hydrocarbures et en 1938, le trafic atteignait 150 000 t (Le port fluvial de Mâcon - 91 W 2). L'augmentation du trafic commercial nécessita des travaux d'extension menés de 1949 à 1951 : allongement du bassin et aménagement de terre-pleins. Entre 1930 et 1958, le tonnage passa ainsi de 150 000 à 850 000 et dépassa le million en 1970. Ce bassin existe toujours mais son usage portuaire a été abandonné et la ZAC du Stand a été créée en 1996 pour réhabiliter ce quartier.

Avec l'arrivée du grand gabarit, l'activité commerciale a été déplacée plus en aval dès 1966, avec la création d'une nouvelle darse associée au développement d'une large zone industrielle. Mise en service en 1973, la nouvelle zone portuaire couvre 32 ha et le port commercial est devenu une plateforme multimodale gérée par la CCI de Saône-et-Loire (via son exploitant APROPORT) comme Chalon-sur-Saône et Pagny. Ces infrastructures portuaires assurent une liaison avec les ports maritimes, les axes routiers et les réseaux ferroviaires.