Pour faire face aux remblais nécessaires à la construction d'une ZUP au nord de la ville, la ville de Mâcon a fait procéder en 1965 au creusement d'un bassin au lieu-dit La Prairie Saint-Pierre. On a donné à cette excavation la forme et les caractéristiques utiles pour l'aménager en un port de plaisance (sur une emprise de plus de 14 hectares). Ce bassin est relié à la Saône par un chenal de 300 m de long. Plusieurs aménagements ont été réalisés par la Ville et le Yacht Club de Mâcon de 1970 à 1986 (cf. Notice descriptive du 4 juillet 1988 - 91 W 2). En 1987, une procédure de régularisation de la situation du port est entreprise au regard des textes sur la décentralisation (91 w 2) : les terrains et les installations sont remis à l’État et l’exploitation du port est concédée à la Ville de Mâcon. En 1989, la Ville de Mâcon signe une concession d'une durée de 15 ans pour l’exploitation de son port de plaisance (en régie directe).

Le port a fait l’objet d'un réaménagement complet et de travaux d'extension au début des années 2010 pour augmenter sa capacité d'accueil et se doter d'une nouvelle capitainerie. Ce projet a été primé dans le cadre de l'appel à projets pour des ports de plaisance exemplaires en 2010 (Ministère de l’Écologie, de l’Énergie, du Développement durable et de la Mer).