Ensemble mis en place pour la section du canal ouverte à la circulation en 1822 (Migennes-Tonnerre). A ce moment-là, il n'y a qu'une seule maison, rive droite (plan de bornage de 1839, plan du linéaire des années 1860 ; conservés chez VNF - direction territoriale Centre-Bourgogne ; subdivision de Tonnerre). L'écluse a été allongée lors de la mise au gabarit Freycinet à partir de 1879 (Henri Bazin, "Notice sur l'allongement des écluses du canal de Bourgogne", Annales des Ponts et Chaussées, 1885, t. 1, p. 450-463). En 1840, l'ingénieur Leblanc avait dressé un projet pour aménager dans la maison éclusière de Tonnerre (n°96) un local destiné à abriter « les archives anciennes du canal ». La demande fut rejetée car « les pièces dont il s'agit ont naturellement leur place aux archives du départements et qu'il convient que vous les y fassiez déposer pour y être classées » (Archives départementales de l'Yonne, 3 S 43). L'exhaussement de la maison éclusière n° 96 « pour établir dans le 1er étage un logement destiné au conducteur à la résidence de Tonnerre" dont il est question en 1851 ne semble pas avoir été réalisé (Archives départementales de l'Yonne, 3 S 99). La maison éclusière a été détruite lors d'un bombardement en 1939. Un plan (conservé chez VNF, direction territoriale Centre-Bourgogne, subdivision de Tonnerre), du 2 octobre 1940, montre la maison située en face : elles ont les mêmes caractéristiques et ont probablement été construites en même temps. Les affectations de ces locaux semblent avoir varié au fil des années ; aujourd'hui la maison rive droite abrite les bureaux de la subdivision de Tonnerre. La maison rive gauche porte la plaque de l'écluse.