A la fin du XIXe siècle, la construction d’infrastructures liées à la ligne de chemin de fer reliant Paris à Lyon modifie de façon importante la commune de Migennes dont l’église paroissiale est dédiée à Saint Pancrace. Nommé prêtre de la paroisse en 1899, l’abbé Magne a la volonté de se rapprocher des nouveaux habitants cheminots qui s’installent progressivement dans les quartiers en construction autour de la voie ferrée. En 1900, il fait l’acquisition d’une maison et d’un terrain au lieu-dit de la « côte des Mignottes », faisant face à la gare. Il va alors développer une série d’actions et de projets dans un objectif de rassemblement et d’évangélisation des populations.

Dans la maison déjà existante, il aménage une petite chapelle, car l’église du centre est trop éloignée du lieu de vie et de travail des cheminots. Puis il fait construire à côté de la maison devenue presbytère une chapelle dédiée à « Notre-Dame de la Voie ». Des cartes postales ont été éditées : elles montrent un petit édifice en rez-de-chaussée contigu au presbytère, de plan rectangulaire avec une couverture en terrasse. Un étage carré est ajouté dans les années 1930. Cette chapelle est dite provisoire, car le culte y est célébré en attendant la construction et la bénédiction d'une église plus importante : l’abbé Magne voit grand, il veut faire de ce lieu la « Lourdes des cheminots ». Les travaux de l'église s’étalent de 1925 à 1935 et intègrent dans l’étage de soubassement, une salle de spectacle et de nombreuses salles paroissiales.

Accompagnant ce projet ambitieux, des œuvres d’apostolat sont développées : un syndicat chrétien, une caisse ouvrière, un groupe de cheminots catholiques, des patronages et une société d’éducation physique. L’abbé Magne crée également une école libre en 1921. En 1922, il fait construire des locaux pour cette école. Ils sont agrandis en 1926, puis dans les années 1930. L’ensemble regroupe alors les écoles (de filles et de garçons), le jardin d’enfant, un dispensaire et une salle de gymnastique. La chapelle provisoire a été intégrée et modifiée pour contenir la cuisine, le réfectoire des institutrices et, au premier étage, les chambres des instituteurs. Le presbytère est occupé par les bureaux du prêtre et des vicaires. L’école ferme ses portes en 1980. Les locaux du groupe scolaire sont cédés à la ville et occupés par des associations. La destruction de l’école et de la salle de sport a lieu en 2006 pour laisser place à des logements neufs. De cet ensemble n’ont été conservés, en dehors de l’église, que le presbytère et le bâtiment de la chapelle Notre-Dame de la Voie qui retrouve son usage premier : un lieu de culte utilisé pour les petites assemblées de semaine.