Le jubé, qui s'élevait au niveau des piliers séparant les 7e et 8e travées de la nef, avait été commandé par l'abbé Amé de Chalon (1389-1432) (peut-être en remplacement d'un jubé plus ancien). Les archives et les vestiges de ce jubé nous apprennent qu'il comprenait une porte centrale ouvrant sur le choeur, flanquée de deux chapelles latérales, fermées du côté de l'est, celle du nord étant dédiée à la Vierge et celle du sud à sainte Madeleine. Ces chapelles avaient pour mobilier des autels surmontés d'une statue de la sainte auxquelles ils étaient consacrés. Le jubé était surmonté d'une tribune sur laquelle on accédait au moyen d'un escalier probablement érigé dans la 8e travée du bas-côté sud. L'abbé aboutissait directement sur la tribune en empruntant une coursière extérieure menant également à ses appartements. Les armes et initiales de l'abbé ornaient le mobilier (et peut-être l'architecture) du jubé. Au début du 17e siècle, les chapelles ont reçu chacune un diptyque offert par Pierre de Binans, abbé de Baume de 1601 à 1615. Vers la fin de son abbatiat, l'abbé Jean de Watteville (1659-1702) fit détruire le jubé, passé de mode, mais en conserva le mobilier et des éléments du décor : autels, statues de la Vierge et de sainte Madeleine, diptyques et peut-être d'autres éléments non identifiés avec certitude jusqu'à présent. Il fit placer ce mobilier contre des murs qu'il fit élever entre les 8e et 9e travées des bas-côtés et en conservant les dispositions médiévales : la Vierge à l'enfant au nord ; la Madeleine au sud. A cette occasion, il fit inclure les panneaux des diptyques dans des retables en bois peint et doré. Cet agencement du XVIIe siècle à partir d'éléments du jubé médiéval est encore visible aujourd'hui dans l'ancienne église abbatiale.