Ces autels faisaient partie du mobilier du jubé commandé par Amé de Chalon, abbé de Baume-les-Messieurs (1389-1432). Leur décor sculpté était complété par un décor peint polychrome, le tout ayant été protégé de l'usure du temps et du vandalisme révolutionnaire grâce au placage de devants d'autels en bois par l'abbé Jean de Watteville (1659-1702). Le décor peint du fond en cuvette, connu par des photographies anciennes, se composait d'un décor à effet résillé : de petits médaillons renfermant tour à tour les armes ou l'initiale de l'abbé étaient reliés entre eux par de brins. Latéralement, sur les bords chanfreinés droit et gauche, étaient peints trois quadrilobes renfermant l'écu (ceux des extrémités) et l'initiale (quadrilobe central). Au XVIIe siècle, lors de leur réinstallation une travée plus à l'est, les autels reposaient sur un emmarchement qui a été détruit lors des campagnes de restauration de l'édifice au XIXe siècle.