En 1779, lors de l'inspection de Dumorey, le pont de Pontailler était en bois, à onze travées.
Le 9 mai 1862, dans le projet de reconstruction de l'arche marinière du pont, l'ingénieur des ponts et chaussées Anus décrit ainsi l'ouvrage : 5 arches en maçonnerie, profilées suivant des arcs de cercle. Cette description correspondrait au pont construit en 1832 (12 S1 a 47). Le passage des bateaux halés s'effectuait sous l'arche extrême droite ; l'arche centrale, plus élevée, étant spécialement affectée au passage des bateaux à vapeur. Il est alors prévu de remplacer cette arche marinière par une autre en maçonnerie construite en anse-de-panier.
Le pont est détruit pendant la guerre de 1870 (en octobre 1870). Les archives conservent un dessin de la chute du pont de Pontailler du 20 juin 1871, dressé par Thevenin, ainsi qu'un dessin de construction de banquette de halage projeté par l'ingénieur Anus, rive gauche (novembre 1872). Le même ingénieur a livré le dessin de l'élévation de la reconstruction du pont en octobre 1872. En 1875, le pont a été doté d'un tablier métallique Schneider (3 arcs métalliques avec piles et culées en maçonnerie - 3 S 44). Le pont supporte alors la route départementale n°2.
Les ponts de la ville ont été supprimés pendant la Seconde Guerre mondiale et reconstruits au début des années 1950.
Chargée de recherche au service Inventaire et Patrimoine - Région Bourgogne-Franche-Comté