T. Dumorey ne fait aucune mention d'un port à Pontailler dans son Mémoire de 1779. Pourtant l'historien local Baudot écrit en 1813 que Pontailler "passait en 1774 pour être le premier port commerçant de la Saône" et Larue le mentionne explicitement dans son tableau des ports en 1874.

L'aménagement du port à gradins de Pontailler fait suite aux projets de construction de murs de quai en aval du nouveau pont de Pontailler (lui-même construit en 1832). Les travaux de reconstruction du port de Pontailler, en aval du pont, ont été adjugés le 1er mars 1855 sur le projet de l'ingénieur Anus. Sur un plan dressé par ce même ingénieur en 1864 (Contestation relative à la propriété de la vieille Saône à Pontailler - à partir du cadastre de 1825), il est clairement mentionné le port à gradins de Pontailler comme ayant été reconstruit par l’État avec le concours de la Ville en 1855 et 1856.