Selon P. Camp, "jusqu'à la fin du XVIIIe siècle, Auxonne n'avait eu que de médiocres ports fluviaux, sur la rive duchoise, en aval du pont : port au Charbonnier, ou en amont : port de la Lochère".

D'après les documents d'archives (12 S1 a 24), la construction de quais à gradins à Auxonne "pour faciliter les chargements et déchargements du port" remonte au milieu du 19e siècle. L'ingénieur en chef des ponts et chaussées, Moreau, a suivi ce projet. En 1852, l'entrepreneur de travaux publics (Broulliet) s'engage à terminer les travaux. Cette date est confirmée dans un Etat des ouvrages de la navigation (fin du 19e-début 20e siècle - 3 S 10) qui précise que le port public d'Auxonne, à gradins et mur de soutènement au pied, a été construit en 1852 au PK 233.

Les cartes postales anciennes témoignent de l'usage de ces quais (péniches et flûtes y sont amarrées) et notamment de l'abreuvoir pour la baignade des chevaux. Ils sont souvent dénommés "Vieux Port".

Par ailleurs, d'après les Renseignements concernant les ports situés entre Gray et Chazelles (3 S 9), une grue était installée à l'entrée de la dérivation pour le déchargement du gravier de ballast destiné à la Cie PLM (1917).

En 2002, à la suite de nombreuses dégradations, des réparations sont entreprises sur le quai à gradins pour le remettre en état.