Deux fromageries sont attestées en 1841 sur le territoire de Charquemont, travaillant le lait de 180 vaches pour produire 4 500 kg de fromage vendus à Lyon, Orléans ou Paris. En 1874, la fromagerie de la Chaux fabrique 9 000 kg de fromage et 2 000 kg de beurre avec le lait de 50 vaches. Selon le mémoire explicatif du 20 février 1946 rédigé par l'architecte Henri Cote (établi à Saint-Hippolyte puis au 21 rue Carnot à Macon), "la société de fromagerie de Charquemont qui s'est constituée à la veille de la guerre de 1939 [le 30 mai] a pour objet la fabrication du fromage de gruyère. Réunissant les producteurs de lait de Charquemont jusque là tributaires de fromagers indépendants, la société décida, à l'époque de sa création, de construire une fruitière pour y traiter elle-même le lait produit par les sociétaires." Sa demande consistait en "un bâtiment comprenant les caves, les locaux de fabrication auxquels devaient être joints une pièce spéciale pour la vente du lait au détail et une chambre frigorifique. Au premier étage avaient été prévus un logement pour le fromager et une pièce de réunion pour les dirigeants de la société." Le projet dressé par Cote le 25 juin 1939 a été validé le 30 juillet suivant et un marché passé le 8 août avec un entrepreneur local. Les travaux ont débuté vers le 15 août mais ils ont été interrompus par la mobilisation générale décrétée le 2 septembre. A l'issue de la guerre, le projet est actualisé et soumis à l'ingénieur en chef du Génie rural, à Besançon. "Le bâtiment représente une surface construite de 237,50 m2. Il est traité dans l'esprit des constructions de la montagne du Haut-Doubs : plan massif, façades simples, toiture largement débordante à 2 pentes opposées, rapides. La partie exposée aux vents de pluie et de neige (sud-ouest) est protégée par l'avancée du toit sur 1,25 m, sous laquelle se trouve encore un revêtement de bois, en saillie de 0,30 m sur le nu de la façade ouest, revêtement qui est traité comme un élément décoratif et suivant la vieille expression locale en « archivolle »." Les caves en sous-sol sont prévues pour 700 fromages ; la salle de fabrication doit accueillir deux cuves de 1 200 litres (chauffées à la vapeur) et deux presses à fromages, avec un emplacement réservé pour une troisième cuve et deux autres presses à fromages. La construction est achevée en 1947.

L'équipement est remanié une première fois en 1966 ou 1968 : les anciennes cuves sont remplacées par une de 6 000 litres, du fabricant Guérin. En 1968, la coopérative réunit 28 producteurs, fournissant 2 006 500 litres de lait. En 1978, la coopérative transforme en emmental 3 500 000 litres de lait par an : outre celui directement amené au village, elle en collecte 300 000 litres par an dans une ancienne fromagerie au Creux de Charquemont et 400 000 litres dans celle de la Seignotte (commune de Damprichard). Elle traite donc chaque jour 1 500 litres de lait, donnant 16 fromages, d'où la nécessité d'agrandir l'atelier de fabrication. Le projet en est rédigé par l'architecte Jacques Huguenot, de Besançon. D'un coût de 561 544,70 F, il vise à donner à l'établissement une capacité de traitement de 7 000 000 de litres de lait (fabrication en deux tournées). Il prévoit une extension du bâtiment au sud pour permettre d'installer une deuxième cuve Guérin de 6 000 litres et six presses à fromages supplémentaires, et de remplacer le générateur de vapeur, et à l'est pour réaliser un garage destiné au camion de ramassage (auparavant abrité dans un corps de bâtiment en appentis au sud).

Une fois les travaux achevés, leur intérêt est vite démontré : les 7 000 000 de litres de lait sont dépassés dès 1986 (avec 7 138 381 litres), suite à la fusion fin 1983 avec la coopérative des Ecorces (la société prend alors le nom de coopérative de fromagerie de Charquemont-Les Ecorces). Nouvelle fusion en 1991 avec celle du Luhier-Montbéliardot (coopérative de Charquemont-Le Luhier). En 1987, employant 6 salariés, elle collecte 6 700 000 de litres de lait fournis par 46 sociétaires ; elle produit de l'emmental, dont 85 % classé en grand cru, et affine elle-même près du quart des meules qu'elle vend ensuite à la SA Juragruyère (de Poligny) et à un grossiste de Rungis, le reste étant acheté en blanc par les sociétés Liniger (de Vercel-Villedieu-le-Camp) et Joly (de Pierrefontaine-les-Varans). Un grand programme de modernisation est de nouveau engagé, en 1988, d'un montant de 4 480 000 F HT en trois tranches : 1ère tranche (273 664 F) réfection de la salle de fabrication, 2e tranche (3 142 000 F) construction d'une cave de pré-stockage et affinage (3 000 places en trois cellules) dans la zone industrielle du Grand Crôt (rue Pierre Mendès-France) et 3e tranche (1 063 336 F) renouvellement du matériel de fabrication (moulage, pressage, écrémeuse). Ce programme doit permettre une mise aux normes, d'augmenter la productivité et d' "affiner la totalité de la production, qui serait vendue à la société Juragruyère, celle-ci, affineur de comté, cherchant à s'approvisionner en emmental grand cru affiné afin d'élargir sa gamme de produits". La deuxième tranche, dont le projet a été élaboré par l'Atelier d'Etudes architecturales (Artica) de Dole, est achevée en 1989 : les premiers fromages arrivent rue Pierre Mendès-France à la fin de cette année. En 1995, une remise aux normes impose le transfert des cuves de saumure sur ce site tandis que l'ancien garage du camion est transformé en salle d'acidification et qu'un garage pour voiture est construit au nord. En 2001, la fabrication est partiellement réorientée vers le comté : elle est alors transférée sur le site de la zone industrielle et le bâtiment de la rue du Chalet est désaffecté. Vendu, il a été converti en habitation.