Jean Villemot, alors président de la cour d'appel de Besançon, désire fonder un orphelinat agricole dans le village de Gevigney qui serait géré par un ordre religieux. Propriétaire de nombreuses parcelles agricoles sur la commune, il souhaite les léguer au département, ainsi que sa maison de Gevigney et une ferme située sur la commune de Jussey .

Le projet d'orphelinat prend forme vers 1875. En 1879, Jean Villemot prend des dispositions testamentaires par lesquelles il lègue à la ville de Pontarlier des fermes situées à Jussey avec des réserve au cas où son projet d’orphelinat dans son village natal verrait le jour. Des sources (archives de Jean Villemot léguées aux archives départementales du Doubs) mentionnent également la création d'une colonie pénitentiaire entre 1888 et 1889 à la ferme du Grand Bois à Jussey. Elle aurait accueilli 6 enfants. L'ouverture de l'orphelinat intervient probablement dans ces années-là. La maison a pu accueillir jusqu'à 120 enfants, de jeunes garçons entre 6 et 12 ans. Le site est géré par les Salésiens de Don Bosco. Par la suite, la direction de l'orphelinat sera assurée par plusieurs ordres religieux. L'édifice est une réunion de deux maisons : la première (parcelle 890) parallèle à la rue Montgillard, semble dater du 18e siècle (une plaque de cheminée porte la date de 1757), la deuxième, en retour d'équerre, a l'air plus tardive. Au centre, une tour a été construite et porte la date de 1837, qui pourrait correspondre à celle de la réunification des deux maisons.

Depuis 1982, les locaux sont occupés par une association qui aide des personnes handicapées à s'insérer dans la vie sociale et active.