La traversée de la rivière fut, de tout temps, un enjeu majeur à Port-sur-Saône. Le pont permettait d'assurer la continuité des grandes routes commerciales qui traversaient la région ainsi que la perception de droits de péage très lucratifs pour les seigneurs locaux.

Au Moyen Âge, un pont en deux parties est construit, reliant les deux rives et l'île, située au milieu, où était érigé un château. Les frais d'entretien du premier pont (bâti sur quatre arches) reliant la ville au château étaient à la charge des seigneuries de Luxueil-les-Bains, de Saulx, de Colombier et de Scey-sur-Saône ; en contrepartie, les habitants de ces seigneuries étaient exonérés des droits de péage pour la traversée du pont. Le second segment, long de treize arches, était à la charge des hameaux de Saint-Valère, du Magny, de Cuclos et de Remaucourt (selon François de Vergy en 1425), étant entendu que ces lourds frais seraient compensés par les retombées économiques du passage de la route commerciale.

En 1734, le pont s'effondre ; un bac est installé pour assurer la liaison entre les deux rives. Cette situation ne durera pas : les autorités locales font appel à Jean Querret, ingénieur des Ponts et Chaussées qui a piloté les travaux de reconstruction du grand pont de Gray en 1735. Fort de cette expérience, il rebâtit le pont de Port-sur-Saône, modifiant notamment le nombre d'arches soutenant l'édifice. Les travaux s'étendent de 1750 à 1758.

Preuve de la robustesse de l'édifice, il est toujours en activité aujourd'hui et sert de pont routier.