Cette maison figure parmi les plus anciennes construites à Port-sur-Saône. Sa construction pourrait remonter au 16e siècle, soit en pleine période Renaissance sur le territoire franc-comtois comme l'attestent l'architecture et les dimensions des fenêtres de la tour. Au vu du décalage de hauteur entre la tour et le corps de la maison, l'édifice a probablement été abaissé d'un étage. Au cours des siècles suivants, plusieurs remaniements ont modifié les différentes façades du bâtiment. Un jardin, identifié sur la parcelle 91 du cadastre de 1828, était attenant à la maison ; il sera cédé par la suite à la commune qui y implantera une place derrière la maison commune puis y transfèrera la cour de récréation de l'école. Au 19e siècle, la maison appartient à la famille Nisius avant d'être cédée à la commune de Port-sur-Saône.

Vers 1905, la commune utilise la maison pour loger les instituteurs. Avec l'installation d'une classe maternelle à la fin du 19e siècle, la maison commune ne disposait plus d'espaces suffisants pour accueillir tous les enseignants dans le bâtiment principal (hôtel de ville). Par délibération du 11 juin 1939, le conseil municipal décide de vendre l'immeuble à l'État pour y établir l'École départementale du bois et des carburants forestiers (qui correspond actuellement à la salle Joblot). Un bail de 1942 décrit l'immeuble ainsi : « le n°5 est une maison élevée sur caves, d’un rez-de-chaussée, un étage et un grenier, cadastré section C n°92 ».

En 2017, la maison, propriété de la commune, est en cours de restauration pour accueillir la perception.