Située en écart de la commune en direction d'Arbecey, l'implantation de la ferme n'est pas datée. Le nom de Saint-Jean fait référence à l'existence de l'ermitage de Saint-Jean d'Arosey situé à proximité. La ferme est représentée sur la carte de Cassini au 18e siècle. La bâtisse actuelle pourrait dater du 18e siècle. En 1826, un dénommé De Laroche résident à Baulay est propriétaire de l'édifice et des deux bâtiments jouxtant l'édifice. Vers 1890, la ferme appartient à la famille Lachassine. Une dizaine de personnes vivaient au lieu-dit Saint-Jean en 1886.