Les recherches archéologiques conduites par Louis Bonnamour permettent d'en savoir plus sur cet ancien passage à gué. La construction d'une centrale thermique en bordure de la rive gauche avait permis de faire des premières découvertes sur cette zone dans les années 1930, qui ont été affinées par les fouilles conduites à partir de 1982. En plus du passage à gué du 1er siècle après J.-C., ce site s'est révélé être une zone portuaire dès l'Antiquité et de façon quasi continue dans l'histoire (époque moderne) : "Cette pérennité s'explique par la présence, à quelques kilomètres en retrait de la rivière, d'un important centre de production de céramique, les ateliers Sevrey-La Charmée, connus jusqu'à présent pour leurs productions médiévales". Mais il semblerait que leur activité puisse remonter à l'Antiquité. L'étude précise du site a permis d'en comprendre son fonctionnement : "le pavage du gué, au voisinage des deux rives de la rivière, a visiblement servi de rampe de chargement, selon une technique élémentaire qui demeurera en usage sur la Saône jusqu'au début du XXe s." Les recherches ont permis de mettre en évidence l'existence d'une pêcherie (rive gauche) et d'un quai de chargement aménagés au Moyen Âge. Une épave de bateau datée du 13e siècle a aussi été découverte en aval du gué.

Connu comme port lié au commerce des poteries voisines de Sevrey, Port Guillot aurait aussi accueilli le roi Louis XIII ne souhaitant pas débarquer à Chalon-sur-Saône (à cause de la peste) en 1634. Sa rencontre avec une fermière du port est rapportée dans L'illustre Orbandale, ou L'histoire ancienne et moderne de la ville et cité de Chalon-sur-Saône (tome 1- 1662) et reprise dans Statistique du département de Saône-et-Loire publiée en 1838.

Thomas Dumorey ne fait pas mention de ce port dans son Mémoire, seul le port de Droux (situé en amont) est décrit. Le cadastre de 1830 indique plusieurs constructions en bordure du Port Guillot. Par ailleurs, un projet d'aménagement du chemin de halage et du chenal navigable est dressé en mai 1847 (3 S 56). Le tableau n° 3 des obstacles à la navigation du 4 mai 1860 (Renseignements statistiques - 3 S 9) indique que les travaux d'amélioration du chemin de halage et du chenal en aval du port sont commencés en 1859 et se poursuivent en 1860. La carte de la Saône de 1862 indique les aménagements du perré et de la rampe. Le port Guillot figure par ailleurs dans la liste dressée par Larue à la fin du 19e siècle.