A la limite entre le pays des Lingons et la Séquanie, le port-Saint-Pierre a vraisemblablement été un lieu de passage fréquenté dès l'époque romaine. On traversait la rivière avec un bac ou un gué, mais il n'en reste aucun vestige. La présence du bac est attestée par les documents d'archives de la fin du 18e siècle bien qu'il n'apparaisse ni sur les plans anciens ni sur le cadastre napoléonien : "Au bac du Port-Saint-Pierre, le chemin de hallage [sic] change, il se porte sur la Bourgogne, du côté du couchant : le rivage opposé est encore sur la Franche-Comté." (Dumorey).

Un rapport du 28 août 1848 rappelle qu'entre Pontailler et Apremont, il n'existait aucun moyen de franchir la rivière sur 25 kilomètres. Les deux communes d'Heuilley et de Broye-les-Pesmes ont activement plaidé pour la création d'un bac à cet endroit. La recette minimale de ce passage est alors évaluée à 1000 francs. Ce rapport argumente sur le choix entre construire un bac ou un pont ; ce dernier sera jugé peu pertinent financièrement (coût de construction élevé pour un usage limité). Dans un rapport de l'ingénieur en chef de la Saône en 1851 il est rappelé que "l’établissement d’un bac au port St-Pierre était demandé avec de vives instances par les communes limitrophes, notamment par les communes de Broye-les-Pesmes et d’Essertenne (Haute-Saône) et d’Heuilley (Côte-d’Or). Ce bac vient d’être autorisé, et la construction s’en fait au moyen des fonds alloués au présent exercice. Il pourra être exécuté dans le courant de cette campagne. Le port St Pierre étant à la limite supérieure de la Côte-d’Or et appartenant à la Haute-Saône, la dépense en a été imputée sur les fonds de ce dernier département." (12 S1 a 2). Le projet de construction du bac est en effet approuvé par décision ministérielle du 2 juillet 1850 et le 28 mai 1851, Antoine et Nicolas Culot sont déclarés adjudicataires des travaux. D'après les documents d'archives, la maison du passeur a été établie d'après les plans dressés en 1864.

L'abbé Denizot mentionne que le bac ou passage se fait au Port-Saint-Pierre "avec maisonnette pour le passeur. Le nom de Port-St-Pierre vient du hameau de ce nom sur l'autre rive de la Saône [...]". S'il n'existe aujourd'hui plus de trace visible de la maison, les documents d'archives apportent de nombreuses indications sur le site : plan avec le détail des rampes à exécuter, dessin du bac et plan de la maison (1864). Dans un Inventaire descriptif et estimatif des objets mobiliers mis à la disposition du département de 1872, la maison est décrite ainsi : "affectée au logement du fermier, bâtie en briques avec couverture en chaume [...] composée de deux pièces au rez-de-chaussée avec four [...] bâtie sur le terrain communal".

Dans une lettre de l'ingénieur en chef au préfet de la Côte-d'Or, on apprend que le Conseil Général a décidé le 18 mai 1956 la suppression du bac du Port-Saint-Pierre "dont l'utilité n'était pas de nature à justifier la dépense qu'aurait nécessité son remplacement" (12 S1 a 34). A cette date, la mise en vente de la maison du passeur, dénommée "local", a été proposée, de même que celle du bac, de la chaîne et de la vieille barque.