D'après Jean Richard, le port de Mailly se serait développé au XIe et surtout au XIIe siècle comme passage entre Dijon et Salins, pour le commerce du sel, supplantant le passage de Losne et devenant ainsi "le premier des ports de la Saône". Thomas Dumorey ne fait que citer Mailly-le-Port dans son Mémoire de 1779, point de passage du second bras de la Tille, mais n'y indique aucun trafic particulier.

Concernant les aménagements du port, le conseil municipal des Maillys explique dans une délibération du 10 novembre 1850 que, depuis l'établissement des barrages sur la Saône, le port des Maillys est submergé et que les bateaux ne peuvent plus s'y amarrer. Il réclame l'établissement d'un embarcadère pour "ramener le commerce dans le port et lui rendre toute son ancienne importance". La réponse de l'ingénieur des ponts et chaussées Daullé en 1852 précise que ce sont les dépôts de la Tille et non les barrages qui ont progressivement comblé le port des Maillys. En l'état, la demande de la commune a donc été rejetée (12 S1 a 39).

Dans une étude sur les ports sur la Saône (1962), Michèle Demortière précise que "le port des Maillys a, grâce à l’entreprise Chanier-Bouchard dont il est un dépôt, un trafic annuel de près de 120 000 t et n'a aucun rayonnement" : il s'agit d'un port dragueur.

Les documents d'archives livrent davantage de précisions sur le bac installé au port des Maillys (État général des adjudications définitives des produits à percevoir aux passages des bacs dans le département de la Côte-d'Or du 20 Ventôse an 13 et tarifs du bac établis en l’an 12 - 12 S1 a 6). De plus, un procès-verbal de visite du bac des Maillys dressé en 1806 indique qu'il est en mauvais état (12 S1 a 39). Le tableau indicatif des bacs et passages d'eau dressé en 1871 par l'ingénieur Anus (3 S 103) décrit le bac des Maillys comme reliant le chemin vicinal de Mailly-la-Ville au port (rive droite) au chemin vicinal de Mailly à Laperrière (rive gauche). Le matériel se compose d'un bac et d'un batelet. En 1882, l'établissement d'un passage d'eau à 5 km en amont du bac de Mailly-le-Port est demandé par la commune mais il ne sera pas autorisé par les Ponts et Chaussées (rapport de l'ingénieur Variot du 2 septembre 1882 - 12 S1 a 39).