A l'origine en bois, T. Dumorey précise dans son Mémoire de 1779 que le pont de Saint-Jean-de-Losne était constitué de 17 travées et que son plancher était trop bas. Il était situé légèrement en aval du pont actuel, comme le confirme le Plan général de la ville Saint-Jean-de-Losne et de ses abords, dressé en 1836 (12 S1 a 50). Souvent détruit, il a été remplacé par un ouvrage en pierre en 1835. Ce pont avait alors 8 voûtes. Un projet d'exhaussement de l'arche marinière, du 11 mai 1862, de l’ingénieur Anus confirme cette description : avant les travaux projetés, le pont possède 8 arches en maçonnerie d'une ouverture uniforme de 15 m chacune et une travée en charpente de 12 m placée contre la rive droite et construite afin de satisfaire aux exigences du service militaire (3 S 14). Le projet consiste alors à remplacer l'arche en charpente par une une autre en maçonnerie suivant un tracé en anse de panier. Le procès-verbal d'adjudication date du 2 juillet 1868 selon un devis du 27 mai (3 S 45).

Après avoir été reconstruit à la suite de la guerre de 1870, il est finalement détruit pendant la Seconde Guerre mondiale (P.-M. Gueritey). Il ne reste que la voûte rive droite. La reconstruction du pont actuel date de 1950-1951. Il repose sur un procédé original : il s'agit d'un cantilever en béton armé dont les poutres principales ont été préfabriquées à terre et transportées à l'aide d'une portière de bateaux (ensemble de bateaux attachés entre eux). Il a été inauguré en juillet 1951.