Le site se compose d'un sas en maçonnerie de pierre de taille et de moellon, d'une maison éclusière et d'un pont sur écluse. La maison éclusière, située rive droite, porte la plaque indiquant "Écluse de St-Jean-de-Losne" et les distances la séparant de Gray et de Chalon-sur-Saône. De plan rectangulaire, elle s'élève sur deux niveaux et un étage de comble, et se compose de quatre travées (à l'origine 3 seulement). Elle comprend deux annexes et un puits à l'arrière. Cette maison suit les mêmes caractéristiques que celles des anciens sites de Seurre, de Charnay et du Châtelet. Les portes de l'ancienne écluse sont déposées en contrebas du pont sur écluse.