Les travaux font partie des premiers aménagements liés à la loi du 19 juillet 1837. En 1842, la Situation des Travaux était la suivante : "Le barrage de Saint-Jean-de-Losne se trouve à 2 kilomètres en aval de cette ville; il est destiné à relever le plan d'eau en amont, de manière à donner un tirant d'eau de 1 mètre 60 centimètres sur les hauts-fonds de la Saône et sur les buscs des écluses des canaux de Bourgogne et du Rhône au Rhin, afin d'établir entre ces canaux une communication permanente qui n'a jamais existé jusqu'ici. Ce barrage à fermettes mobiles, avec pertuis de navigation de 12 mètres 50 centimètres de largeur, est accompagné d'une dérivation établie sur la rive droite, dans un coude très prononcé de la rivière et abrégeant le trajet de 940 mètres. Une digue de halage, de 1 800 mètres de longueur, doit unir la dérivation avec l'extrémité du canal de Bourgogne et franchir une dépression assez étendue, provenant de la destruction de la rive par les corrosions de la rivière, et par les gravières que l'on exploite dans cette localité, pour l'entretien des routes". La dérivation a été ouverte aux bateaux le 1er septembre 1842.

Le barrage de Saint-jean-de-Losne a été modifié en 1881 (travaux d'exhaussement et de transformation des barrages de Saint-Jean-de-Losne, Le châtelet et Seurre approuvés par décision ministérielle du 19 février 1880- 12 S1 a 5).

La mise à grand gabarit de la Saône dans les années 1970 a supprimé l'usage de cette dérivation et du barrage. Le bief est maintenant inclus dans le bief de Seurre, plus long.