L'espace aujourd'hui occupé par la place Emile Zola est situé sur le flanc est de la ville, à la jonction des Bourg-Dessus et Dessous de la ville, dans un secteur appelé entre-deux-bourgs (ou Surin). Sur la vue cavalière de la ville dressée en 1544 par Sebastien Münster, cet espace est occupé par des habitations, bordé à l'est par l'enceinte, au sud par l'église Saint-Jean-Baptiste et au sud-est par de la confrérie de la Croix, fondée à la fin du 16e siècle. Divers ordres religieux masculins et féminins s'implantent aux abords de ce secteur au cours du 17e siècle. Un couvent d'ursulines et un noviciat de jésuites prennent place au nord dans la première moitié du siècle, suivies des clarisses, au sud de l'église Saint-Jean-Baptiste. Le noviciat de jésuites est vendu à la ville en 1767, aussitôt occupé par le collège dont les bâtiments menacent ruine.

Trop vétuste, l'église Saint-Jean-Baptiste disparaît entre 1796 et 1815. Son cimetière est reconnu impropre à cet usage en 1823, la ville propose aux paroissiens l’inhumation au cimetière Saint-Roch. Au nord de la place, le couvent des ursulines est également rasé, à l'exception de la partie orientale, investie à partir de 1835 par les frères de Marie qui y ouvrent une école avec pensionnat. L’espace ainsi libéré est renommé place Saint-Jean, brièvement baptisée place Napoléon en 1811. Les travaux d'aménagement n’interviennent qu’en 1832, entraînant le nivellement de la place. En 1843, soit 18 ans après l’incendie qui dévaste la ville, il est précisé qu’ " on ne saurait, sans les plus graves inconvénients, retarder plus longtemps de faire disparaître du centre de la ville et de ses établissements publics, des ruines qui interceptent la circulation et attristent la vue ". Une coupe extraordinaire de 20 hectares de bois est votée " pour achever le quartier Saint-Jean , qui abrite la caserne, le collège, l’école Normale et deux écoles primaires". En 1847 est voté un budget de travaux d’utilité communale pour " l’arrangement et l’ouverture des voies de circulation du quartier Saint-Jean, conformément au plan d’alignement arrêté par l’ordonnance royale du 11 octobre 1841 (expropriation de la maison Meyer et acquisition du jardin Delagoutte). Les travaux se poursuivent jusqu’en 1849 (expropriations et démolitions) mais une délibération du 11 mars 1854 précise qu’ils n’ont pas (tous ?) été exécutés.

Le décret impérial du 20 décembre 1854 ouvre un crédit de cinq millions " pour le soulagement des classes ouvrières et indigentes, fonds destinés à l’établissement d’ateliers de charité ". Des travaux d’utilité communale sont alors décidés, puisqu'en février 1855 " la place Saint-Jean, depuis l’incendie de 1825, est demeurée un monceau de ruines à peine déblayées, et cependant l’un des endroits les plus fréquentés de la ville à cause du voisinage du collège, des écoles communales, de la caserne et des cinq rues qui y aboutissent ". A la fin de l'année 1858, Jean-Marie de Grimaldi obtient l’autorisation d’établir un réservoir d'eau salée de 6000 hl sous la place Saint-Jean, afin d'alimenter l'établissement thermal bâti en contrebas au début des années 1850. Il s'engage à prendre en charge le coût de construction du mur de soutènement et d’aménagement de la place, suivant les plans de l’architecte Borne. Le réservoir est construit peu après immédiatement au nord de l’emplacement de l’église. Les travaux de la place se poursuivent au moins jusqu’en 1862 (" l’extrémité nord aboutit à deux rues dont les niveaux sont très différents "). La place a été rebaptisée Emile Zola à la fin du 19e siècle. Elle a accueilli des festivités diverses, et est aujourd'hui principalement occupée par un parking automobile.