Avant la construction d'une église, les habitants de Pont-du-Bois bénéficiait d'une chapelle (appelée chapelle-au-Bois) comme l'atteste un pouillé (registre ecclésiastique). Le service était assuré depuis longtemps par le curé de Selles. En 1775, une église est construite à l’emplacement de la dite chapelle, sous le titre de la Nativité de Saint-Jean-Baptiste.

Malgré la reconstruction récente, des réparations urgentes sont à mener : un arrêt du Conseil de septembre 1787 autorise la coupe de 45 arpents de bois pour financer les travaux de couvertures de la nef ainsi que l'achat de mobiliers. En 1790, Amoudru fut chargé par le grand maitre (fonctionnaire de l'administration des Eaux et Forêts) de dresser les plans et les devis, bien qu'une partie des travaux fut déjà exécutée, compte tenu de leur urgence.

Lors de la période révolutionnaire, le conseil municipal constate que l'édifice est mal en point. Le 15 aout 1793, une violente pluie de grêle brisa presque tous les vitraux, le bâtiment étant déjà quasiment à l'état de ruine. De plus, le conseil municipal relève que l'église ne dispose pas "d'ornements pour assurer le service divin". Face à cette situation, les habitants de la commune aidèrent au maintien de l'édifice dans un état fonctionnel. En 1804, le maire, avec l'accord de ses administrés, fait fabriquer deux cloches pour remplacer les deux cloches livrées pour refonte à la Nation l'année précédente.

En 1856, le conseil municipal décide de rebâtir l'église ; le projet est mis au vote et accepté. L'édifice est reconstruit au même endroit. Seul le clocher est conservé ; la nef est entièrement reconstruite ainsi que le portail et la façade principale. Le maire signe le procès-verbal de réception des travaux en 1858.

En 1887, la commune émet le souhait de bâtir une nouvelle tour qui serait surmontée d'une flèche afin de remplacer le clocher de 1775. Ce projet ne vit pas le jour.