Au 17e siècle, il n'existe qu'un chemin longeant la rivière, les maisons sont construites le long du quai et protégées des crues par un mur en briques. En 1778, un projet plus ambitieux permet d'aménager la double rampe encore visible aujourd'hui au début des quais du Doubs. Les travaux seront interrompus quelques années plus tard à la suite de l’instabilité du terrain et reprennent en 1788. Des réparations successives ont lieu jusqu'au milieu du 19e siècle (E. Ducrot détaille les travaux successifs des quais de Verdun).

La nécessité de disposer d'un port pour une ville comme Verdun s'était déjà fait sentir en 1810. Le projet consistait alors à reconstruire l'ancien rempart du faubourg Saint-Jean et à aménager un port à gradins, mais la commune ne disposait pas des crédits suffisants pour ce projet. À partir du milieu du 19e siècle, l'idée ressurgit d'autant plus que les villes voisines sur la Saône en sont équipées (Seurre ou Saint-Jean-de-Losne). Cette absence de port est considérée comme un obstacle à la navigation dans les Renseignements statistiques dressés en mai 1860 (3 S 9). Il est en effet rappelé qu'un rapport du 27 février 1852 porte la dépense à 95 000 F (port à gradins) mais que depuis, seulement quelques perrés ont été effectués sur l'entretien. En 1860, la commune finit par bâtir une rampe au niveau de la place Saint-Jean avec un perré et un mur de soutènement : ces aménagements sont toujours en place aujourd'hui et sont complétés par la capitainerie (port de plaisance).

L'espace choisi pour implanter le nouveau port est situé dans le prolongement de la mairie, près du pont de Bragny, aux abords duquel se trouve un "port à radeaux", rive gauche. Dans un rapport de l’ingénieur des Ponts et Chaussées du 8 septembre 1865, sur l'utilité de construire ce nouveau port, il est précisé qu'il n'existe jusqu'alors qu'un seul port en amont de Verdun, sur le Doubs - le port Lapierre - où l'on débarque précisément de la pierre (3 S 42). Les autres transferts de marchandises se font dans Verdun, là où cela est possible. Cette situation est décrite comme peu favorable et profitant de fait au port voisin de Seurre. Pour argumenter, il donne des précisions sur le commerce qui se fait à cette époque à Verdun :

- par la Saône : des bois de service et de chauffage, du foin, de la paille, des cendres lessivées servant d'engrais pour la Bresse chalonnaise, du charbon de bois, des cercles, des échalas, des céréales, des tuiles. Des bateaux de fourrage s'y arrêtent également. En remonte, on dépose de la houille, des pierres et des marchandises diverses.

- par le Doubs : seuls des sapins du Jura descendent et sont mis en radeaux à Verdun, précisément au niveau du pont de Bragny.

Ce commerce représente en moyenne 30 000 tonnes/an, sans compter les bois qui ne font ici que changer de mode d'embarcation. L'intérêt d'établir un port dans la ville de Verdun et à proximité immédiate de la Saône est donc démontré. Ce rapport conclut sur les aspects financiers, en précisant que la dépense de l’État ne devrait pas dépasser le quart de la dépense totale (ce dernier ayant cédé gracieusement à la commune de Verdun les terrains sur lesquels le port sera établi), le reste devant être supporté par la commune.

Les devis de la construction de ce port décrivent ainsi les travaux : un bas-port (soumis pour toute sa surface aux règles de la voirie fluviale) longeant la digue du Doubs, raccordé par une partie inclinée avec le quai d'amont et un port supérieur, placé en arrière, relié avec le précédent par des rampes d'accès et des escaliers de service. Ce port supérieur est prévu pour être affecté aux longs dépôts. Après plusieurs variantes du projet, les travaux sont adjugés le 8 janvier 1869 (3 S 42). D'après Laurent Gourillon, la ville a contracté un emprunt pour les travaux du haut-port et l’État a accordé une subvention de 16 000 F pour ceux du bas-port.